В 1946 году, по словам Черчилля, опустился «железный занавес», разделивший бывших союзников в войне против нацистской Германии и обозначивший их новый статус противников, если не врагов. Если бы началась новая война, западные союзники имели бы преимущество благодаря тому, что их авиабазы находились в пределах расстояния нанесения удара от Москвы и других крупнейших городов Советского Союза. Только у США были наземные, авиационные и военно-морские базы, окружавшие СССР. Американцы в войне с Японией продемонстрировали, что у них есть атомное оружие, и они готовы применить его. У Советского Союза не было ни ядерного оружия, ни способа доставить его через Атлантический океан. Советские физики создавали свою атомную бомбу, а Королев должен был построить межконтинентальную баллистическую ракету (МБР) для доставки атомного оружия. Это нужно было сделать не в Германии, а на советской земле.
Двадцать первого октября 1946 года генерал Гайдуков, отвечавший за использование немецкой ракетной технологии, пригласил Греттрупа и его подчиненных отметить их сотрудничество, позволившее значительно усовершенствовать «Фау-2». Тост со стороны немцев с неизбежностью следовал за тостом со стороны русских, и цикл повторялся до четырех утра 22 октября, когда мертвецки пьяных немцев и их семьи погрузили в поезд, следовавший в Россию. По прибытии немцы были разбиты на группы и посланы в разные места, где они работали над проблемами, которые им ставили их русские хозяева. Выработанный в Германии стиль отношений не менялся. Немцы выполняли свои задания, но они никогда не были интегрированы в советскую ракетную программу.
Осенью 1947 года Королев руководил серией опытных запусков «Фау-2» на полигоне Капустин Яр. Там присутствовали немецкие ракетчики, которые должны были обучить русских обращению с ракетами. До конца года было запущено около 20 ракет, несших боеголовки или научные приборы. В конце 1940-х годов работа Королева с «Фау-2» и ее усовершенствованной русской версией К1 (или Р-1) принесла свои плоды. Ракета Р-1 была принята на вооружение в качестве боевой ракеты Красной Армии.
В то время как работа Королева шла успешно, его личная жизнь была беспокойной. В 1946 году он развелся с первой женой, матерью его единственного ребенка. В следующем году он женился второй раз. По некоторым сообщениям, в 1948 году Королев снова был отправлен в «шарашку». Об этом почти ничего не известно, впрочем, возможно, что при Сталине была невелика разница, с какой стороны колючей проволоки находиться.
Со временем к немецким ракетчикам присоединились, а затем и заменили их молодые русские инженеры. Наконец, между 1951 и 1953 годами, немцам, которых вывезли в Советский Союз против их воли, было позволено вернуться в Германию.
Примерно в это же время заместитель фон Брауна Эберхард Рес провел много времени в Германии, вербуя квалифицированный персонал для работы над ракетной программой сухопутных войск США. Один из тех, с кем встречался Рес, недавно вернулся из Советского Союза и жил в Западной Германии. Он опасался говорить с Ресом, так как думал, что находится под наблюдением советских агентов. Еще один из тех, кто вернулся, живший в Восточной Германии, не пришел на назначенную встречу. Рес предположил, что он снова попал к русским.
Фон Браун получил письмо от Вернера Баума, предлагавшего ему свои услуги после возвращения из Советского Союза. Баума помнили как посредственного инженера, и армейская разведка полагала, что он мог действовать по указанию Советского Союза. Американские военные считали, что немцы, которые поработали на СССР, мало что могли предложить, и что из-за угрозы для безопасности их не следует нанимать.
Спустя годы, оценивая вклад своих бывших коллег в советскую ракетную программу, Вернер фон Браун сказал: «Есть все основания полагать, что их вклад в русскую космическую программу можно почти не принимать в расчет. Они должны были писать отчеты о том, что было в прошлом, но, можно сказать, они были выжаты как лимон. В конце концов их отправили домой, даже не проинформировав о содержании секретных русских проектов».