Ситуация изменилась в воскресенье 14 октября 1960 года, когда самолет У-2, проводивший фоторазведку, вернулся из полета над западными частями острова. Фотографии, которые были проявлены и проанализированы на следующий день, показывали участки в форме трапеций, похожие на те, которые наблюдались раньше только на территории СССР. На каждом углу участка располагалась ракета класса «земля—воздух», а на самих участках находились ракетные транспортеры, монтажники и пусковые площадки.
В понедельник 15 октября дешифровщики фотографий идентифицировали советские ракеты средней дальности СС-4 (кодовое название НАТО «Сандал»). По данным американской разведки, эти ракеты могли нести боеголовки с ядерным зарядом в 3 Мт, весившие 1,36 т, на расстояние до 2000 км. В пределах их дальности были Даллас, Новый-Орлеан, Атланта и столица США Вашингтон. Пока уточнялась расшифровка снимков, новость о том, что через несколько дней на Кубе будут готовы к действию наступательные ракеты, передавалась наверх по административной лестнице.
Во вторник 16 октября в 8. 00 специальный помощник президента по вопросам национальной безопасности Мак-Джордж Бунди сообщил Кеннеди плохие новости. В этот же день президент вызвал к себе группу сотрудников администрации. Эта группа образовала Исполнительный комитет Национального совета безопасности, который должен был помочь президенту найти способ ликвидировать угрозу. На первом заседании большинство видели только одно средство — удар по ракетным базам с воздуха. Кеннеди хотел заручиться международной поддержкой любых действий и получить более определенные данные от разведки. У-2 снова отправились в воздушное пространство Кубы.
В последующие дни расшифровщики аэрофотоснимков отмечали продвижение в строительстве площадок и установку ракет. Восемнадцатого октября они идентифицировали площадки для запуска баллистических ракет средней дальности СС-5 (кодовое название НАТО «Скин»). Считалось, что СС-5 могут нести боеголовки в 5 Мт и имеют дальность 3520 км. Ракеты могли достигнуть территории всех 48 прилежащих штатов, за исключением некоторых областей на севере Калифорнии, Орегона и штата Вашингтон.
Кубинский ракетный кризис был продолжением поединка между советским премьером Никитой Хрущевым и президентом Джоном Кеннеди, в котором обе стороны использовали абсолютное оружие того времени — баллистические ракеты с ядерным зарядом. Впервые Кеннеди и Хрущев встретились в Вене в 1961 году, вскоре после американского фиаско в бухте Кочинос. Главным вопросом, который они обсуждали, было присутствие войск США в Европе и, в частности, в Берлине. Хрущев хотел, чтобы они убрались.
Хрущев, сын шахтера, ветеран большевистской революции, уцелевший в сталинских чистках, и закоренелый коммунистический бюрократ был настойчив, непримирим и груб. Кеннеди, сын богатого капиталиста, получивший элитарное образование, стоял на своем, сохраняя при этом хорошие манеры. Кеннеди покинул Вену потрясенным, но непобежденным. Хрущев уехал с убеждением, что Кеннеди можно оскорблять и шантажировать.
Вечером в понедельник 22 октября 1962 года в телевизионном обращении к американскому народу президент Кеннеди сообщил новость о ракетном кризисе и ответил на хрущевскую демонстрацию силы.
Добрый вечер, сограждане. Правительство, как оно и обещало, продолжает внимательно наблюдать за ростом советского военного присутствия на острове Куба. За последнюю неделю не подлежащие сомнению данные позволили установить, что на этом потерявшем свободу острове оборудуется ряд площадок для наступательных ракет. Эти базы не могут иметь никакой иной цели, кроме обеспечения возможности ядерного удара по Западному полушарию.
Кеннеди описал площадки для ракет СС-4 и рассказал, что они могут долететь не только до Вашингтона, но и до Панамского канала, Мехико и Центральной Америки. Он сказал, что ракеты СС-5 могут поразить цели на севере до Гудзонова залива включительно и на юге до столицы Перу Лимы. Это, по его мнению, создавало угрозу не только для Соединенных Штатов, но и для всего Западного полушария.
Кеннеди изложил план действий, содержавший семь пунктов. Его ключевым элементом было установление военно-морским флотом карантина вокруг Кубы, что было блокадой, обычно рассматриваемой как элемент военных действий. Соединенные Штаты собирались повысить уровень военной готовности, просить поддержки Организации Американских Государств и ООН и потребовать от Советского Союза убрать свои ракеты с Кубы.