Награжденный за эту кампанию орденом Св. Владимира 2-й степени и чином генерал-лейтенанта, Барклай был назначен начальником 6-й пехотной дивизии, с которой в 1808–1809 гг. и принял участие в войне со Швецией. Получив приказание идти к Куопио и очистить от неприятеля Саволакскую область, Барклай в начале июня занял этот город и, оставив здесь часть своих сил, сам, согласно приказанию главнокомандующего, направился к Вазе на соединение с отрядом Раевского. Между тем шведский партизан Сандельс атаковал Куопио, и Барклай, получив известие о критическом положении нашего малочисленного отряда в этом городе, опасаясь за свою коммуникационную линию, вернулся назад и прогнал Сандельса. Самовольное возвращение Барклая в Куопио вызвало сильное неудовольствие главнокомандующего армией графа Буксгевдена, находившего, что этим разрушен весь его план, и Барклай покинул армию, уехав в Санкт-Петербург. Государь, недовольный Буксгевденом, не изменил, однако, своего благоволения к Барклаю. С заменой же Буксгевдена генералом Кноррингом Барклай, по желанию императора Александра, снова был вызван в Финляндию, и на него было возложено командование войсками, назначенными для перехода по льду Ботнического залива через Кваркен (100 верст) в Швецию. Награжденный за переход через Кваркен чином генерала от инфантерии, Барклай в мае 1809 г. был назначен финляндским генерал-губернатором и главнокомандующим войсками, в Финляндии расположенными. Административные способности, проявленные Барклаем на этом посту, и тот такт, с которым он вел себя по отношению к населению, возбужденному войной и делившемуся на приверженцев Швеции, России и самостоятельной Финляндии, побудили императора Александра в январе 1810 г. призвать Барклая на пост военного министра, освободившийся за назначением Аракчеева председателем департамента военных дел вновь образованного Государственного совета. Барклаем было завершено устройство военного министерства изданием «Учреждения» его и издано «Учреждение для управления Большой действующей армией», введена корпусная организация, образованы пехотные дивизии, создан корпус внутренней стражи и пр.; сделаны значительные улучшения: по довольствию войск, приему и обучению рекрутов и, в предвидении новой войны с Наполеоном, численность вооруженных сил увеличена до небывалых размеров — 1 275 000 человек; усилены старые и построены новые крепости: Бобруйск и Динабург.
С началом Отечественной войны Барклай был назначен главнокомандующим 1-й Западной армией, с сохранением поста военного министра. Относительно борьбы с Наполеоном Барклай выработал свой план, основанный на уклонении от решительного боя и отступлении в глубь страны. Идеи этого плана высказаны были Барклаем впервые еще в 1807 г. в Мемелс, где он лечился от раны, известному историку Нибуру, «Если бы мне пришлось действовать против Наполеона, — говорил он тогда, — я вел бы отступательную борьбу, увлек бы грозную французскую армию в сердце России, даже на Москву, истощил бы и разорил ее и наконец, воспользовавшись суровым климатом, заставил бы Наполеона на берегах Волги найти вторую Полтаву». Те же мысли там же и тогда же высказал он и императору Александру, посетившему его, а вступив затем в управление военным министерством в марте 1810 г., представил ему же особый доклад («О защите западных пределов России»), в котором, развивая ту же идею, указывал, что первое упорное сопротивление противнику должно было быть оказано на оборонительных линиях Двины и Днепра, причем главной базой являлась Москва — «главное хранилище, из которого истекают действительные к войне способы и силы».
Император Александр вначале вполне разделял эти взгляды Барклая, но впоследствии осложнил их осуществление принятием плана полковника Фуля, основанного на занятии укрепленного Дрисского лагеря. И вот Барклаю с первых же шагов войны пришлось бороться с влиянием этого педанта-теоретика. Вынужденный, несмотря на все свои возражения, к поспешному отводу войск в Дрисский лагерь, Барклай настоял в конце концов на его очищении и соединении со 2-й армией (князя Багратиона). Памятуя слова императора Александра, сказанные ему при отъезде государя из армии: «Поручаю вам мою армию. Не забывайте, что у меня нет другой, и пусть эта мысль никогда вас не покидает», — Барклай проникнут был во всех действиях крайней осторожностью. Так, по соединении армий у Смоленска и принятия над ними главного начальствования, он отказался от выработанного Толем плана наступления всеми нашими силами к Рудне, чтобы, разбив и прорвав центр расположения армии Наполеона, занять внутреннее положение по отношению к противнику и бить его по частям. Он решил отступать на Москву.