В совсем ином положении находилось Православие в XVI-XVII вв. Как ни низко падал в нём по историческим обстоятельствам уровень богословской образованности и как ни проникали в её среду инославные влияния, Православная Кафолическая Церковь в основе своей хранила веру Вселенских Соборов и святых отцов — была Церковью Вселенских Соборов и святых отцов. У ней не было внутренних причин к новым формулировкам своей веры, и если она вступила тогда на путь составления новых исповеданий веры, то причины к тому были, так сказать, «внешние», исторически «случайные» или «практические» — результат её соприкосновения и даже столкновения с западными исповеданиями, часто занимавшими по отношению к православному миру агрессивную позицию (пропаганда, миссии, дипломатические и политические интриги). Поэтому православные исповедания и патриаршие послания XVI-XVIII вв. не были плодом органического развития православного богословия, каким были, для примера, «паламитские» Соборы XIV в., а попытками дать ответы на вопросы, чуждые часто Православию, но практически ставимые жизнью в результате столкновения с инославным миром, а иногда и на споры между римо-католиками и протестантами, в которых обе стороны стояли на общих предпосылках, неприемлемых для Православной Церкви (как, например, в споре о спасении одною верою или верою и делами).
Не станем сейчас подробно говорить об общеизвестном факте, что в борьбе с латинством и протестантством православное богословие было вынуждено вооружиться западным схоластическим богословским оружием и что это, в свою очередь, повело к новому и опасному влиянию на православное богословие не только не свойственных ему богословских терминов, но и богословских и духовных идей. Произошло то, что некоторые богословы, как, например, прот. Георгий Флоровский, называют «псевдоморфозой Православия», т. е. облачение его в не свойственные ему богословские формы мышления и выражения, хотя верность основам Православия при этом всё же в общем сохранялась чудом Божиим и даром Святого Духа, пребывающим в Церкви. Это был период глубокого отрыва от святоотеческого предания в богословии (хотя и не в литургической жизни Церкви) и вместе с тем понижения уровня богословия при всём внешнем развитии богословской науки и учёности. Это падение богословского уровня ясно ощущается всяким, кто после чтения творений святых отцов или Деяний древних Соборов (до соборов XIV в. и св. Марка Ефесского включительно) переходит к чтению Исповеданий веры XVI-XVII вв. Мы постараемся проследить подробнее эти инославные влияния при рассмотрении отдельных исповеданий и посланий этой эпохи.
Прежде всего, в хронологическом порядке, нам нужно будет остановиться на трёх посланиях Константинопольского патриарха Иеремии II
к лютеранским виттенбергским богословам Тюбингенского университета, пославшим ему текст Аугсбургского исповедания. Эта переписка (1573-1581 гг.), начатая по инициативе лютеран, ничем, как известно, не закончилась, и в третьем своём послании патр. Иеремия заявляет, что считает продолжение её бесполезным. Значение её больше в самом факте, что это была первая непосредственная встреча Православия с протестантизмом, нежели в самом её содержании. Послания неплохо излагают отдельные положения православного учения, в выражениях мало заметно латинское влияние (впрочем, встречаются «материя и форма» в учении о таинствах, но зато избегается термин «пресуществление» в учении об Евхаристии). Основной недостаток Посланий состоит, однако, в том, что в то время как протестантизм есть, прежде всего, ересь о Церкви (или, вернее, «против» Церкви), патр. Иеремия не развивает никакого православного богословского учения о Церкви и вместо него даёт учение о семи таинствах. Нет у него, в ответ на лютеро-августиновское учение о человеке, лежащее в основе лютеранского учения об оправдании, православной патристической антропологии, как и учения о благодати как о нетварной Божией силе. А между тем, как раз здесь можно было бы найти точки соприкосновения с Лютером, который восставал против римо-католического учения о множестве тварных благодатных сил, как посредников между Богом и человеком. Вообще послания ограничиваются опровержением отдельных протестантских заблуждений без попыток понять их основные принципы. Естественно, что такого рода диалог с протестантами не мог быть плодотворен и вскоре прекратился. Тем не менее послания патр. Иеремии II являются ценными историческими памятниками состояния православной богословской мысли XIV в. на Ближнем Востоке, когда она ещё не успела подпасть под сильное влияние латинской схоластики. Ценна также та твёрдость, с которой патр. Иеремия II отстаивает православные позиции. В этом значение его посланий. Придавать им б о льшее значение было бы преувеличением.