Предположение советского лидера оказалось верным – Бенеш не собирался ждать, пока союзники составят график постепенного приема судетских немцев в Германии. Уже 2 августа 1945 года президент ЧСР издал декрет о лишении практически все немцев и венгров на территории ЧСР чехословацкого гражданства. В документе говорилось: «Граждане Чехословакии немецкой или венгерской национальности, которые (ранее) получили по распоряжению оккупационных властей немецкое или венгерское гражданство, в день получения такого гражданства утратили право на гражданство Чехословакии». Де-факто это условие относилось к подавляющему большинству немцев и венгров Чехословакии, в частности, ко всем судетским немцам, которые в 1938-1945 гг. были гражданами Германского рейха и с юридической точки зрения жили после сентября 1938 года на его территории.
После этого декрета все немцы и венгры теряли право на легальное пребывание в ЧСР, так как в одночасье стали иностранцами. При этом следует подчеркнуть, что никакого решения о выселении венгров из ЧСР Потсдамская конференция не принимала.
Первый эшелон с выселенными «упорядоченно» немцами покинул ЧСР 25 января 1946 года. С 1 апреля 1946-го из страны ежедневно уходили по четыре поезда с 1000-1200 человек в каждом.
Хотя в своей речи перед депутатами Временного Национального собрания 28 октября 1945 года Бенеш говорил, что «перемещение немецкого населения, разумеется, должно производиться ненасильственно и не по-нацистски», изгнание сопровождалось многочисленными убийствами и издевательствами над мирным населением. (Однако масштабы этих эксцессов в ФРГ позднее сильно преувеличили.)
Например, 18 июня 1945 года группа немецких беженцев из небольшого городка Добшина (так называемые карпатские немцы, которые возвращались домой в Словакию) проезжала на поезде через моравский город Пршеров – тот самый, где, как уже упоминалось, 1 мая 1945-го вспыхнуло подавленное немцами восстание. Карпатские немцы бежали из Словакии в декабре 1944 года по приказу тогдашних немецких властей. Поезд был остановлен подразделением контрразведки во главе с поручиком Каролом Пазуром из 17-го пехотного полка чехословацкого корпуса генерала Свободы, в прошлом членом словацкой Глинковской гвардии, которая тесно сотрудничала с нацистами. Будучи военнослужащим словацкой Быстрой дивизии, Пазур попал в плен в 1943 году, стал коммунистом и вступил в ряды чехословацкого корпуса.
Ряд военнослужащих 17-го пехотного полка участвовали в Словацком национальном восстании и среди случайно встреченных на вокзале карпатских немцев узнали тех, кто помогал во время восстания карателям.
По другой версии, Пазур решил ликвидировать всех немцев эшелона как нежелательных свидетелей своей собственной службы в Глинковской гвардии.
Немцы были выведены из поезда, и Пазур начал их допрашивать. Позднее он утверждал, что все допрошенные признались в сотрудничестве с нацистами. Но потом выяснилось, что у некоторых немцев даже были документы, потверждавшие их невиновность. После допроса Пазур вместе с офицером-политработником Сметаной отконвоировали немцев в здание кадастрового ведомства, где те были расстреляны.
Людей заставили раздеться до нижнего белья, и дети были вынуждены смотреть, как убивают их родителей. Свидетели говорили, что один шестилетний ребенок по-словацки попросил его расстрелять, чтобы он мог уйти вслед за уже убитой мамой. Одну жещину расстреляли вместе с двумя детьми, которых она держала на руках. Тела были погребены в братской могиле величиной 17 x 2 метра. Местные жители сначала отказывались копать ее, но Пазур сказал им, что расстреливает эсесовцев. Имущество казненных поделили между собой бойцы Пазура.
Были убиты 71 мужчина, 120 женщин и 74 ребенка. Самому младшему из погибших было восемь месяцев, самому старшему – 80 лет. Сразу после убийства Пазура арестовали сотрудники НКВД, но он показал удостоверение сотрудника контрразведки и был освобожден. На следующий день советский комендант Пршерова Ф. Попов отдал приказ снова арестовать Пазура, однако тот уже уехал из города и находился в Словакии. Попову он сказал по телефону, что тот не должен вмешиваться, потому что это дело чехословацких властей.
Попов послал документы о расследовании массового убийства чехословацким органам, но Пазура лишь повысили в звании до надпоручика.
В 1947 году, когда о Пршеровском расстреле стали много писать в СМИ, Пазур был осужден военным судом в Братиславе на семь с половиной лет.
Приговор он обжаловал, ссылаясь на то, что «время было такое» и что он действовал по патриотическим мотивам. Также Пазур говорил, что весь процесс против него задуман с целью подорвать репутацию компартии. Расстрел детей Пазур объяснял просто: он, мол, не знал, что с ними делать после расстрела их родителей.