О том, что к тому времени Новотный отнюдь не был диктатором, как его позднее описывал Дубчек, свидетельствует хотя бы тот факт, что военная прокуратура отказала в возбуждении уголовного дела против Барака по обвинению в государственном перевороте.
Бывшего министра поначалу обвинили лишь в разглашении государственной тайны, так как Барак действительно на разных публичных заседаниях широко использовал полученную по каналам разведки информацию. Затем добавилось обвинение в нецелевом расходовании государственных средств. Якобы сыновья Барака за государственный счет жили в Италии. При обыске в сейфе Барака нашли 72 тысячи долларов, но они предназначались для проведения оперативных мероприятий разведки за границей. На суде фигурировала и растрата в резидентуре в Нью-Йорке. Там использовали деньги для покупки подарков начальникам и советским советникам, но во всем обвинили самого Барака.
Конечно, все это никак не тянуло на 15 лет заключения, да и вообще на тюремное наказание. Барак пострадал за то, что собирался пустить в ход против Новотного некий компромат из времен оккупации. Об этом прямо сказала жена Барака в 1968 году: якобы муж приносил эти материалы домой. Конечно, этот компромат был высосан из пальца, но Новотный не хотел, чтобы об этих дрязгах узнала вся страна, а тем более недруги ЧССР на Западе. Поэтому Барака и осудили за расхищение государственных средств. Новотный понимал, что если бывший министр останется на свободе, то он не уймется в своих истинных и мнимых разоблачениях.
Новым главой МВД еще до ареста Барака стал сторонник Новотного Любомир Штроугал.
Штроугал родился 19 октября 1924 года в семье коммуниста, рабочего цементного завода. Отца арестовали нацисты, и он погиб при бомбардировке союзниками берлинской тюрьмы Плетцензее. Любомир Штроугал после войны окончил юридический факультет Карлова университета в Праге и получил степень доктора права. С 1948 года работал в районном руководстве КПЧ в Ческе-Будейовицах, а с 1957-го был первым секретарем парторганизации Южночешской области. На съезде партии в 1958 году был избран в состав ЦК КПЧ. С 6 марта 1959 года работал министром сельского хозяйства.
Главным достоинством нового министра внутренних дел было то, что как политик нового молодого поколения он не нес никакой ответственности за политические репрессии начала 50-х годов. Следовательно, теперь реабилитация могла идти более последовательно.
Вероятно, Новотный оставил бы снятого с поста шефа МВД Барака в покое, но тут подоспел XXII съезд КПСС (октябрь 1961 года). На нем Хрущев неожиданно начал вторую, гораздо более резкую волну критики Сталина, которая подчас уже переходила рамки здравого смысла и поэтому натолкнулась на непонимание не только в партии, но и в обществе. В частности, Хрущев утверждал, что во время войны Сталин планировал операции на глобусе. Эта явная ложь звучала как оскорбление для всех ветеранов, для которых Сталин был верховным главнокомандующим, приведшим Красную армию в Берлин.
Если в 1956 году Хрущев объективно подчеркивал как позитивные, так и негативные черты деятельности Сталина, то на XXII съезде бывший советский вождь предстал уже настоящим преступником. Было решено разрушить все памятники Сталину, переименовать Сталинград в Волгоград и вынести тело Сталина из мавзолея Ленина. Многих возмутило то обстоятельство, что тело вынесли тайком, ночью.
Новотного новая волна антисталинской критики в Москве явно застигла врасплох. Президент ЧССР, так долго добивавшийся спокойствия в обществе, не мог просто проигнорировать новые веяния из Москвы, тем более исходившие от Хрущева, которого он искренне уважал.
Из мавзолея в Праге убрали тело Готвальда (его кремировали), а самый крупный в мире памятник Сталину на берегу Влтавы был взорван. Однако в том, что касается реабилитации Сланского, Новотный (который участвовал в работе XXII съезда КПСС) по-прежнему оставался непреклонен. На пленуме ЦК КПЧ в ноябре 1961 года он еще раз охарактеризовал Сланского как чехословацкого Берию, который стал жертвой развязанных им же самим репрессий.
Зато события в Москве были использованы Новотным, чтобы окончательно устранить Барака как возможного конкурента. Как уже упоминалось выше, бывшего министра внутренних дел обвинили в стяжательстве и в январе 1962 года он был арестован.
Премьер Вильям Широкий до последнего момента ничего не знал об аресте своего заместителя Барака. На заседании правительства он попросил Штроугала проинформировать членов кабинета о причинах ареста. На это Штроугал закрыл лицо ладонями и молча сидел минут пять. Широкий подытожил этот «ответ» следующим образом: «Как видно, товарищ Штроугал нам ничего не скажет. Давайте тогда перейдем к первому пункту повестки дня заседания правительства».