Иннокентий утверждал, что таинства веры не должны быть разглашаемы, поскольку не все способны их постигнуть. Он приказал епископам очистить папские города от овладевших ими еретических настроений, и достиг в этом успеха. Но там, где он мог полагаться лишь на духовную власть, ему приходилось нелегко. В Италии его увещевания пали на добрую почву. Гораздо сложнее оказалась борьба с ересью в Южной Франции, где вся аристократия была привержена новому вероучению.
Для борьбы с альбигойской ересью он призвал французского короля: «…
Его настроение решительно изменило убийство близ Тулузы папского легата Петра Кастельно. Понтифик твердо уверовал, что в этом преступлении виновен граф Раймунд Тулузский. Он предал его анафеме и, объясняя свой образ действий в патетических письмах к другим суверенам, был настолько взволнован, что использовал предложения, включающие от точки до точки 207 слов.
Впоследствии с благословения папы цветущий альбигойский край был разрушен и его уникальная цивилизация уничтожена. Увлекаемые своими грубыми страстями и алчностью, сеньеры и авантюристы беспощадно резали, жгли и грабили, так что сам Иннокентий отшатнулся от их «подвигов», и совесть мучила его за это море пролитой крови. Но к этому бесчеловечному делу оказался более причастен преемник Иннокентия, Григорий IX.
Иннокентий стал крупнейшим явлением в истории Европы. Он поставил перед собой три важнейшие задачи: искоренение альбигойской ереси, крестовый поход, уния с православным Востоком. Его деятельность осуществлялась не силой, а волей: сохранилось 3702 его письма и иных писаных документов. Ответы или решения Иннокентия свидетельствуют, насколько выше современных ему иерархов стоял он в широком понимании церковных правил и обычаев. Так, архиепископу Безансонскому он указывал, что каноническими правилами воспрещено применять кипяток для получения показаний, хотя церковная практика широко использовала это безотказное средство.
Иннокентия, как и всю Европу, поразила удручающая весть, что Иерусалим отвоеван магометанами. Завоеванное франками «Иерусалимское королевство» не продержалось и ста лет. Разрозненные владения христианских правителей в Палестине не могли устоять против мусульман без помощи с Запада. Молодой и энергичный папа стал самым горячим поборником крестового похода. Уже во второй год понтификата Иннокентий своим постановлением превратил добровольное участие в подобных предприятиях в обязательную повинность. Он обложил все церковные учреждения католической Европы подоходным сбором в пользу крестового похода — сороковой частью их дохода за год. Не церемонился он и со строптивыми монархами и обязал их выплачивать на благую цель пятидесятую часть дохода.
Содействие папы задуманному делу не ограничивалось материальными средствами. Его пламенные воззвания зажгли огонь веры во многих душах, и снова, как перед Первым крестовым походом, появились народные проповедники, одушевлявшие в пользу похода и толпу, и рыцарей. Лишь венецианцы, руководствующиеся исключительно практическими интересами, были начисто лишены религиозного рвения. Они не только выговорили себе громадную сумму за перевозку пилигримов морем в Святую землю, но задались целью использовать на пользу Республике Св. Марка силу крестоносного войска. Поскольку воины Христа не смогли выплатить оговоренную плату, дож Энрико Дандоло предложил им помочь покорить богатый торговый город Зару на далматинском побережье, счастливого соперника Венеции. И хотя жители христианской Зары вывесили на стенах распятия, город был принужден к сдаче и разграблен.
За это злодеяние Иннокентий предал венецианцев анафеме. Однако он не противился решению своих епископов, снявших с них отлучение, слишком дорожа самим предприятием, чтобы из-за досадного случая подвергнуть риску святую цель. Пожертвовав личным самолюбием, папа уступил в мало существенном, чтобы не нарушить планов, направленных на благо Церкви. Тем строже настаивал Иннокентий на необходимости отвоевания Святой земли.