Отгон заставил всех итальянцев принести клятву в том, что отныне они не будут ни посвящать, ни даже избирать папу без согласия его самого и его сына. Таким образом, Отгон лишил римлян той привилегии, которую они сами всегда считали своим самым драгоценным правом и видели в нем выражение своей независимости, — права, посягать на которое не отваживались даже Каролинги.
Хронист Титмар Мерзебургский истолковывал возникшую вслед за низложением Бенедикта в имперских войсках эпидемию как Божью кару.
Весьма вероятно, что на этот раз Отгон, уже не довольствуясь присягой римлян, издал декрет, которым они были окончательно лишены избирательных прав, и «ручной» папа императора Лев VIII изъявил полную готовность подчиниться положениям декрета. Документ сохранился в редакции XI в. Подлинность этой грамоты возбуждает, однако, сильные подозрения: явные подделки в интересах императоров делают ее содержание сомнительным.
После смерти Льва VIII римляне, опасаясь вызвать недовольство Отгона I своеволием, не стали ни выбирать нового папу, ни приглашать на престол изгнанного Бенедикта V. Однако они отправили послов в Саксонию с просьбой восстановить избранного ими папу. Отгон с почетом принял посольство, но своего решения относительно отвергнутого им папы не изменил. Он направил в Рим в качестве своих уполномоченных верных епископов Отгера Шпейерского и Лиутпранда Кремонского. Под их руководством новым понтификом был избран — якобы единодушно — лично преданный императору епископ Нарни Иоанн.
Годом позже Бенедикт скончался в Гамбурге. В конце своей жизни он пользовался почитанием горожан и духовенства.
Вместе с ним умерли последние живые традиции того свободного папства, которое возвысилось над руинами каролингской империи.
Останки Бенедикта были перевезены для погребения в Италию.
Иоанн XIII (1.10.965–6.9.972) в миру звался Джованни и принадлежал к знатному роду: был сыном сенатриссы Стефании от графа Бенедикта, то есть правнуком Теодоры Старшей и внучатым племянником Мароции. Возвышению этого родственного семейства содействовал Иоанн XII, желая найти в нем поддержку против враждебных ему знатных фамилий.
Вновь избранный понтифик отличался добродетельной жизнью, но, поддерживая Отгона, явно был паршивой овцой в своей семье, яростно боровшейся с германским влиянием.
Это не помешало ему почти сразу проявить очевидную привязанность к родным: своей матери Стефании папа передал в ленное владение городок Палестрину (Пренесте). За ежегодную плату в десять золотых солидов Стефания, ее дети и внуки получили право владеть городом, но затем он должен был быть возвращен Церкви. Брата, тоже носившего, как и отец, имя Бенедикт, папа повенчал с Теодорандой, дочерью аристократа Кресченция, и после того сделал его правителем Сабины. Род Кресченциев вступил на свое блестящее поприще именно в это время. Поскольку значительная часть римской знати продолжала поддерживать потомков Альберика в лице графов Тускулумских, появление их соперников в лице Кресченциев могло быть полезным Отгону I, позволяя контролировать Рим в соответствии с испытанной тактикой «разделяй и властвуй».
Несмотря на шаги по примирению со своим домом, Иоанн XIII оказался в конфронтации с родными, традиционно являвшимися противниками императора. Брат папы возглавлял движение против немцев, что прибавляло наметившейся ситуации драматичности.
Очевидно, слишком усердно принявшийся проводить линию Оттона I в Риме, к тому же допустивший бестактность и высокомерие по отношению к римской знати, Иоанн XIII скоро вызвал вспышку недовольства в городе. Против него возник заговор, возглавленный префектом Рима Пьетро, которого на эту должность для соблюдения порядка поставил сам император. В число главарей заговорщиков входили также граф Ротфрид из Кампании и Стефан, постельничий папы. Помимо знати в возмущении приняли участие многие представители народа, мечтавшие сбросить навязанного им понтифика, а вместе с ним и иноземное иго.
Иоанна схватили, избили и заперли в замке Св. Ангела, откуда он через некоторое время был переведен в Кампанию, под надзор людей Ротфрида. Те, однако, надзирали за пленным папой недостаточно прилежно, и спустя несколько месяцев Иоанну удалось бежать.
На помощь своему союзнику двинулся Оттон I. По его приказу на заговорщиков были обрушены жестокие репрессии. Император отдал префекта в распоряжение Иоанна XIII, и тот приказал повесить его за волосы на Латеранской площади, на конной статуе Марка Аврелия. Затем Пьетро сняли, раздели донага и посадили верхом на осла, лицом к хвосту, к которому был привязан колокольчик и который префект должен был держать как повод. На голову ему надели мешок, утыканный перьями; такие же мешки прикрывали ноги. В этом виде бывшего префекта провезли по всему Риму, а затем отправили за Альпы в изгнание. Однако жизнь ему папа сохранил.
В Риме установилось спокойствие, хотя и непрочное.
В 967 г. Оттон приказал короновать императорской короной своего сына — молодого Отгона II.