Однако столь блестящим и многочисленным двор нового английского короля оставался весьма непродолжительное время. Первым его покинул принц Эдгар, нашедший убежище у короля Шотландии Малкольма, а вскоре в свои графства уехали Эдвин и Моркар. Последнее было тревожным предзнаменованием, поскольку положение нормандцев на севере Англии оставалось непрочным. Несмотря на все усилия архиепископа Алдреда, сопротивление новой власти там усиливалось. Сразу после коронации Вильгельма право на управление Нортумбрией оспаривали Осулф, которого поддерживал граф Моркар, и Копсиг, являвшийся в свое время одним из ближайших соратников Тости. Этот спор окончился открытым столкновением, в котором погибли оба претендента, и наступило затишье. Однако к 1068 году там образовались две новые группировки, оппозиционно настроенные по отношению к королю. Одна ориентировалась на самого графа Моркара, другая начала сплачиваться вокруг Госпатрика, потомка древних королей Нортумбрии. Призывы присоединиться к движению были направлены как к Моркару, так и к Свейну Эстритсону. Это уже было достаточно серьезно, и Вильгельм Завоеватель, наконец, решил совершить поход в Северную Англию. Первым делом он занял Уорвик, где оставил Генриха Бомонского, приказав срочно построить там новый замок. Затем королевские войска направились к Ноттингему, прошли Йоркшир и, не встретив сопротивления, достигли Йорка. Представители большинства местных владетельных семей официально заявили о признании нового короля. Более того, Вильгельму удалось заключить временное перемирие с Шотландией. Для закрепления успеха был построен замок (на его месте сейчас стоит знаменитая Клиффордская башня). После этого король повернул на юг и без особых усилий добился подчинения Линкольна, Хантингдона и Кембриджа.
Можно понять авторов, восхищающихся энергией Вильгельма Завоевателя, проявленной им в тот период.
В течение девяти месяцев 1068 года он провел целую серию удачных операций, добившись подчинения Эксетера, Уорвика, Йорка и значительной части Восточной Англии. Однако долго почивать на лаврах ему не пришлось. В конце 1068 года нормандец Роберт де Коммине был наделен королем правами графа и направлен для наведения порядка в район, расположенный севернее реки Тис. Однако 28 января 1069 года, когда новоиспеченный граф прибыл в Дарем, жители напали на него, а затем подожгли дом епископа, в котором он пытался укрыться. Весть о том, что в Дареме был заживо сожжен королевский посланник, послужила сигналом для недовольных горожан Йорка, которые напали на размещавшийся в городском замке нормандский гарнизон. Когда об этом узнал находившийся в Шотландии принц Эдгар, он начал готовиться к возвращению на родину. Обстоятельства требовали от короля скорейшего вмешательства, и он фактически повторил то, что в 1066 году сделал Гарольд Годвинсон. Собрав имевшихся в распоряжении воинов, Вильгельм поспешил в Йорк и с ходу рассеял не ожидавшие его появления отряды горожан, осаждавших городской замок. Скоро весь город был в руках короля. Захваченные в плен мятежники подверглись жестокому наказанию, а нормандский гарнизон был переведен в новую крепость, специально для этого сооруженную около Йорка. В качестве компромисса, направленного на умиротворение графства, Вильгельм назначил его правителем Госпатрика. Однако эта мера явно рассматривалась как временная и ненадежная. Не случайно уже к 12 апреля 1069 года король вернулся в Винчестер во главе довольно значительных сил.