Осенью 1891 года Вильямс после двухлетнего пребывания за границей вернулся вместе с женой в Москву. За эти два года он многое успел изучить и освоить; особенно большое значение имела для него работа в Пастеровском институте, глубокое проникновение в сущность микробиологических процессов, совершающихся в природе. Работая у Пастера, Вильямс навсегда сохранил любовь и уважение к этому великому микробиологу. Вильямс узнал также природу Франции и Германии, познакомился с западноевропейской агрономией и на личном опыте убедился в ее невысоком уровне. Показателем этого уровня было широко известное руководство немецкого агронома Розенберг-Липинского «Практическое земледелие», ядовито названное Вильямсом «пародией на земледельческую науку». Это сочинение получило в шестидесятых-семидесятых годах XIX века такое широкое распространение в Западной Европе, что Костычев решил перевести его на русский язык, потому что в России, кроме фундаментальной «Настольной книги для сельских хозяев», созданной под руководством Стебута, не было систематического руководства по земледелию. Но когда Костычев принялся за перевод, он убедился в совершенной несостоятельности этого немецкого руководства. Костычев подверг его коренной переработке, оставив без изменения, в сущности, только фамилию автора.
Вильямс знал и немецкий оригинал и вышедший в 1884 году русский перевод и, давая свою убийственную оценку сочинению Розенберг-Липинского, подчеркивал: «Я здесь говорю про немецкий подлинник, ибо русскому переводу его придан настолько научный характер, что он более заслуживает название самостоятельного научного трактата, чем перевода».
Вместо «пародии на земледельческую науку» Вильямс хотел видеть у себя на родине развитие подлинной земледельческой науки и надеялся принять в этом развитии самое деятельное участие.
Однако его возвращение в Москву совпало с новой волной реакционных мер, насаждавшихся в Академии с помощью Юнге и повлекших новые бурные выступления студентов. Эти выступления вызвали резкие нападки реакционной печати и на студентов и на прогрессивных профессоров, а прежде всего на Тимирязева, который, как писал в эти дни в своей газетке «Гражданин» известный мракобес князь В. П. Мещерский, «на казенный счет изгоняет бога из природы». Царское правительство вынесло решение о прекращении приема в Петровскую академию. По существу, это означало закрытие Академии после того, как доучатся студенты старших курсов. Так и было сказано в негласном распоряжении царских властей.
«Петровская академия закрывается — писал А. Н. Энгельгардт в одном из писем к А. П. Мертваго. — Теперь все валят на Юнгу; но зачем же было поручать Юнге управлять флагманским агрономическим кораблем? Думали, что он, как окулист, сумеет «очки втереть». Ошиблись…»
Петровская академия, это «крамольное гнездо», должна была быть уничтожена. Уже появился проект размещения на территории Академии Тверского кавалерийского училища. Это означало бы разрушение всех лабораторий и научных кабинетов, опытных полей, лесной дачи, дендрологического сада — всего того, что было создано трудами и опытами выдающихся русских ученых.
Вильямс вернулся осенью 1891 года и подоспел к знаменательному дню: 21 ноября отмечалась, по традиции, годовщина Академии. Прогрессивная часть преподавателей решила, несмотря ни на что, отметить памятный день торжественным собранием, Это собрание, носившее, по воспоминаниям его участников, полутраурный характер, состоялось в ресторане «Эрмитаж». Настроение присутствующих выразил в своей стихотворной речи профессор А. Ф. Фортунатов:
V. ПЕРВЫЕ ЛЕКЦИИ
«Это моя основная работа, моя главная обязанность».