Вирусы: Скорее друзья, чем враги

А теперь я сформулирую свое кредо: подверженная ошибкам обратная транскриптаза – один из наиболее эффективных «изобретательских» методов. Это проявление «небрежности»! Данный механизм работает «с ошибками». Показатель мутаций составляет 10 на 10 000 нуклеотидов из расчета на один цикл репликации, поскольку при недостаточной точности обратной транскриптазы это приводит к появлению новой информации извне – как из газет. Это огромный объем информации, который отмечается практически во всех биологических системах, включая бактерии, археи и дрожжи (нет – или уже нет (?) – в некоторых ДНК-содержащих вирусах или фагах). И все это происходит в планктоне. Результаты экспериментов с образцами, собранными Tara Oceans, свидетельствуют о следующем: 13,5% белков планктона представлено ОТ по сравнению с 5% в геномах человека, но и в них ОТ является самым распространенным белком. Почему же этого специфического фермента так много в одноклеточных эукариотах, обитающих в океане? Обилие обратной транскриптазы объясняется большим количеством ретротранспозонов. Неужели для появления инноваций и выживания необходимо наличие в океане такого большого количества ретротранспозонов? Действительно ли критерием выбора являются столь существенные изменения окружающей среды?

В соответствии с третьим сценарием вирусы отвечают за горизонтальный перенос генов (ГПГ). Затем гены и вирусы перемещаются горизонтально и используются для переноса генов. Нам известно о существовании горизонтального переноса генов в обоих направлениях – от вирусов к клеткам и от клеток к вирусам. Это вполне соответствовало бы большому количеству параллельных линий. Такого не могло быть на первых этапах существования жизни на Земле, но могло появиться позже.

Строго говоря, теоретически возможен еще один вариант развития событий: вирусы и клетки формируются по большому количеству вертикальных линий, которые развиваются параллельно. В этом случае могло быть много источников. Патрик Фортер из Парижа предположил наличие трех источников; рибосомы-содержащие клетки он назвал рибовироклетками, которые продуцируют белки и вирусы. Вирусы стали «изобретателями» ДНК в трех доменах жизни независимо друг от друга. А как возникли РНК-содержащие клетки?

Существовал ли «первичный», «примордиальный» или «протовирус» – единственный вирус-предок, от которого произошли все остальные вирусы, нечто похожее на «первичное растение» Иоганна Вольфганга Гёте? Такой вопрос поднимался часто. Это могла быть самая примитивная РНК в форме вироида, но у вироидов нет специфической последовательности, а РНК, состоящая из 50 нуклеотидов, обеспечивает 4 (или 10) возможностей, то есть сумму всех возможных последовательностей как квазивидов. Это не был настоящий первичный вирус. Пространство последовательностей, сумма всех возможных последовательностей, названное «генным пулом», до сих пор не используется всеми биологическими системами на нашей планете. Мы только недавно узнали, что РНК можно без труда получить в пробирке, о чем свидетельствует опыт, проведенный Сазерлендом. Но это не РНК-содержащий пре-протовирус, имеющий всего одну последовательность.

В 2009 г. в статье «Десять доводов в пользу исключения вирусов из древа жизни», опубликованной в  была сформулирована крайняя точка зрения. Эта статья с вызывающим названием спровоцировала выход десяти статей в ответ. И никто из десяти ученых не согласился с точкой зрения автора оригинальной статьи.

И тут вступаю я со своим личным заключительным апофеозом вирусов. Все органисты знают, что у Иоганна Себастьяна Баха после прелюдии следует фуга, которая заканчивается слиянием всех голосов и полным звучанием максимального числа труб – . И вот я со своим – резюме – применительно к вирусам.