Исполняя должности командиров крейсера и порта, он прилагал все силы, чтобы сделать Владивостокский порт настоящей военно-морской базой. Особой заслугой адмирала явилось быстрое завершение постройки сухого ДОКа, действующего и поныне. Г. П. Чухнин добился круглогодичной навигации порта. При Г. П. Чухнине осуществились полностью или частично все главные проекты строительной комиссии Владивостокского порта: были сооружены минные и артиллерийские мастерские, два новых сухих ДОКа для броненосцев, набережная в порту, система водоснабжения, пять офицерских флигелей, две новые большие казармы для Сибирского флотского экипажа и казарма для мастеровых порта. Для увеличения численности мастеровых сформировали нестроевую команду из солдат и матросов, знакомых с различными ремеслами. Вольнонаемным рабочим установили особую поденную плату, которая значительно превышала заработок в Европейской России. Адмирал знал поименно почти всех рабочих, а его распоряжения, касающиеся быта и условий работы мастеровых, вполне отвечают современному законодательству об охране труда и по социальным вопросам. Литейщики после каждой отливки медных вещей получали бесплатное молоко. Не редкостью были отпуска не только по болезни, но и по семейным обстоятельствам.
В июне 1901 года Г. П. Чухнина назначили командующим отрядом кораблей Тихоокеанской эскадры, отправляющимся в Кронштадт. Во Владивостоке проводы были сердечные, все понимали, благодаря кому вырос и укрепился Владивосток. В Морском собрании Г. П. Чухнина чествовали хлебом-солью и собрали 6 700 рублей, которые образовали стипендиальный фонд его имени. Мастеровые порта преподнесли адмиралу икону и надписью:
1 июля 1902 года Г. П. Чухнин назначен начальником Николаевской Морской академии в Петербурге и директором Морского кадетского корпуса, выполнял эти обязанности в течение двух лет. 6 апреля 1903 года ему было присвоено звание вице-адмирала. На этом посту подготовил реформу военно-морского образования, представил на рассмотрение в Морское министерство проект положения, устава и штата Морского корпуса, новых учебных программ, сумел поднять на должный уровень дисциплину и организацию учебного процесса.
Г. П. Чухнин сумел настоять на организации комиссии Морского корпуса по проверке деятельности всего учебного процесса. С помощью его разработок корпус приноровился к новым правилам, которые достаточно очевидно пошли ему на пользу. Заново сформированные специальные классы решили назвать гардемаринскими и учебные программы для них существенно переработали.