От своего намерения сдвинуть с места решение крестьянских дел во всей их совокупности С. Ю. Витте не отступился. В 1898 году он предложил назначить для рассмотрения крестьянского вопроса «…особую комиссию с исключительными полномочиями, которая могла бы заняться крестьянским вопросом, памятуя, что этим путем был разрешен крестьянский вопрос и в 60-х годах». Комитет министров поддержал С. Ю. Витте своим решением, но император оставил его без движения, повелев ждать «высочайших указаний» 25. Не успокоившись, в октябре того же года С. Ю. Витте направил императору собственноручное письмо. Суть этого послания заключалась в предложении сделать из крестьянина «персону», поскольку в теперешнем своем виде он был «полуперсона» и рассматривался значительной частью русского благородного дворянства как нечто среднее между человеком и волом. Копию письма С. Ю. Витте сохранил в своем архиве и впоследствии поместил в качестве приложения к «Воспоминаниям». Никакой реакции на письмо не последовало.
В 1901 году, в связи с сильным торгово-промышленным и сельскохозяйственным кризисом, перед царем был вплотную поставлен вопрос о причинах упадка крестьянских хозяйств губерний земледельческого центра. Дальше тянуть было нельзя — 16 ноября 1901 года, на основании всеподданнейшего доклада министра финансов императору, по высочайшему повелению была учреждена «Комиссия по исследованию причин оскудения земледельческого центра». Председателем комиссии был назначен товарищ министра финансов тайный советник Владимир Николаевич Коковцов.
Комиссия была укомплектована в соответствии с представлениями С. Ю. Витте о том, как следует готовить решения по крупным народно-хозяйственным проблемам. В нее вошли 15 представителей различных ведомств, в том числе видные чиновники Министерства финансов и Министерства земледелия В. И. Покровский, М. П. Кашкаров, П. X. Шванебах, управляющий земским отделом МВД В. И. Гурко, а также делегаты от земств скудеющих губерний в числе 19 человек. Комиссия начала заседания только в начале октября 1903 года, когда получила в свое распоряжение необходимый статистический материал. Деятельность «Комиссии центра» получила широкий общественный резонанс главным образом благодаря выступлению земцев.
Комиссия В. Н. Коковцова призвана была решать задачи прикладного характера. Ее занятия не должны были выходить из круга дел, находившихся в компетенции Министерства финансов. Предварительная работа по сбору необходимого статистического материала проводилась Департаментом окладных сборов.
Как сообщает С. Ю. Витте, лицом, убедившим императора Николая II образовать «крестьянскую комиссию» с более широкими задачами и назначить министра финансов ее председателем, был Д. С. Сипягин. К нему царь испытывал личную симпатию — они сблизились на почве общего увлечения охотой. Д. С. Сипягин, министр внутренних дел, имел придворное звание егермейстера, заведующего царской охотой.
22 января 1902 года царским указом было учреждено Особое совещание о нуждах сельскохозяйственной промышленности под председательством С. Ю. Витте. «Я, конечно, был очень доволен этим назначением», — вспоминал С. Ю. Витте много лет спустя. Современники, однако, зафиксировали совершенно иную реакцию министра финансов. «Витте был мрачнее тучи… что он назначен председателем сельскохозяйственной комиссии, так как это для него опасное место» — так прокомментировала назначение Витте главой Особого совещания А. В. Богданович на страницах своего дневника. В широких дворянских кругах упорно считали, что именно политика министра финансов вызвала невиданной силы экономический, социальный и политический кризис в стране, начало которого пришлось на 1899–1902 годы.
Реакция С. Ю. Витте на свое новое назначение могла быть вызвана совершенно иными мотивами, нежели те, на которые намекала генеральша А. В. Богданович. Несколькими днями ранее, а именно 14 января 1902 года, своим указом император повелел создать при Министерстве внутренних дел редакционную комиссию для пересмотра законоположений о крестьянах. Тем самым главное направление работ по крестьянскому вопросу уводилось из-под контроля С. Ю. Витте. Ему достались проблемы, относящиеся исключительно к сфере сельскохозяйственной промышленности. Тем не менее рук он не опустил, а энергично и напористо принялся за исполнение новых обязанностей. Уже 22 марта 1902 года начинается комплектование местных комитетов совещания, которым надлежало снабжать его материалом и идеями, а 12 мая получила высочайшую санкцию и программа занятий Особого совещания из 40 пунктов.