Иконоборчество полностью и радикально изменило такой подход. В некоторых скальных церквях Каппадокии крест — это единственный изобразительный мотив помимо растительных узоров. После возобновления почитания икон в 843 году снова появились изображения святых; но работа иконописцев требовала соответствующей систематизации. Так в Константинополе возникла настоящая иконографическая программа, которая имела лишь незначительные региональные изменения. Христу, представленному в облике строгого Пантократора (Вседержителя), отводилось место в главном куполе; Богоматерь царила в главной апсиде. Над входом в нее часто располагался деисусный чин: справа от Христа изображалась Богоматерь, обращенная к Нему с молитвой; слева находилась икона Крестителя. На своде, отделяющем иконостас от купола, была представлена Этимасия, Престол уготованный, символ грядущего пришествия Христа. Под куполом, на противоположных стенах, изображались сюжеты на темы Рождества и Распятия. По другой оси храма — Крещение и Воскресение. Впоследствии Богоматери отводилось еще более значительное место. Сюжет «Успение Богородицы» мог занять даже центральное место в церкви. В монастырских церквях или часовнях преобладают образы святых (церковь Святого Луки в Фокиде).
Стремление ввести единые художественные нормы, чтобы избежать разночтения, привело к некоторой стандартизации изображений: художнику оставался небольшой простор для творчества. Одни и те же фигуры и сцены представлялись практически одинаково. Эта неизменность к тому же усиливалась материалом, когда использовалась мозаика. Лишь в столичных церквях высокое мастерство художников и качество материалов допускало проявление некоторой индивидуальности. Реализм в Святой Софии обнаруживается практически только в портретах императоров и императриц. Ирина Венгерская, супруга Иоанна II Комнина, изображение которой можно увидеть на хорах, выставляет напоказ свои светлые волосы; в некотором удалении от нее — портрет императора, находящийся на том же расстоянии от Христа, что и портрет императрицы Зои, племянницы Василия II, изображение которой перенесли подальше, когда она сменила мужа. Однако во времена Палеологов стандартизация нарушилась, особенно в создании фресок. Все сильнее начинало ощущаться западное влияние, воздействие итальянского Ренессанса: в изображениях стали передавать движение, в лицах появилась экспрессия, композиция сцен усложнилась. Одним из самых ярких примеров обновления оформления является параклисий в церкви Хора с его впечатляющим Страшным судом. Сам по себе сюжет традиционен — его можно было увидеть в притворе церкви Богоматери жестянщиков в Фессалониках с 1028 года, но в церкви Хора значительно больше реализма и более сложная композиция.
Складываются устойчивые иконографические типы, особенно при изображении Богородицы. Молящаяся Матерь Божия (Оранта) стоит, простирая руки. Изображение Богородицы, указующей перстом путь Своему Сыну, сидящему у Нее на коленях, называется Одигитрия (Указующая путь). Богородицу с Сыном, прислонившимся к Ее щеке, называли Елеуса (Умиление). Если Младенец целовал Богородицу или Она целовала Его, это называлось Гликофилуса (Сладкое Лобзание).