Пережив немало злоключений, Иоанн V в конце концов разошелся со своим старшим сыном Андроником, который в 1376 году, при помощи генуэзцев, низложил отца и, короновавшись как Андроник IV (1376 – 1379), сделал соимператором своего сына Иоанна. Иоанн V и другой его сын и будущий император Мануил были посажены в темницу. Лишь спустя три года Иоанну V удалось бежать из заключения и, при помощи турок, снова вернуть себе трон. Между отцом и Андроником состоялось соглашение, которого оба придерживались вплоть до смерти Андроника в 1385 году. После этого Иоанн V короновал соимператором своего сына Мануила.
В самом конце правления Иоанна V смуту в Византии поднял его внук Иоанн, уже побываший на троне в качестве соправителя своего отца Андроника. В 1390 году Иоанн Младший захватил Константинополь и правил там, но только несколько месяцев, под именем Иоанна VII. Документы из архивов Венеции показывают, что восстание Иоанна было организовано султаном Баязидом I. Венецианский сенат, как всегда хорошо осведомленный о ситуации в Константинополе благодаря своим купцам, судя по всему, считал вполне вероятным, что Баязид в этой ситуации окажется на византийском троне. Как бы там ни было, инструкции венецианским послам, отправленным в Константинополь в 1390 году, звучали так: «Если вы найдете сына Мурада [Баязида] в Константинополе, вы должны постараться добиться от него снятия секвестра с венецианских кораблей». Но благодаря деятельному Мануилу Иоанн V был восстановлен на престоле. Вскоре, в начале 1391 года, он умер, закончив свое продолжительное и не слишком счастливое царствование. Императором стал Мануил.
Новый император незадолго до своего вступления на престол женился на Елене, дочери владетеля Северной Македонии Константина Драгоша (Драгаса), – как сказал К. Иречек68, «единственной сербке, которая стала византийской императрицей». Она родила Мануилу шесть сыновей, из которых двое – Иоанн VIII и Константин XI – сделались последними византийскими императорами. Отсюда видно, что два последних Палеолога на императорском троне были наполовину славянами. Изображение Елены, прозванной Палеологиней, дошло до нас на прекрасной миниатюре одной из рукописей, хранящихся в Лувре. На миниатюре император Мануил, его жена Елена и трое его сыновей коронуются Девой Марией. Еще один портрет Елены сохранился на свинцовой печати – моливдовуле.
Красивый, благородный, прекрасно образованный и одаренный литературным талантом Мануил еще с юных лет, при жизни отца, остро почувствовал весь ужас положения империи и всю унизительную тяжесть грядущего для него государственного наследства. Получив от отца в управление Фессалонику, он вошел в сношения с населением македонского города, захваченного войсками султана Мурада, в целях избиения турецкого гарнизона и освобождения города от турецкого ига. Султан узнал об этом и собрался жестоко наказать правителя Фессалоники. Не будучи в состоянии оказать сопротивление надвигавшейся грозе, Мануил, после бесполезной попытки найти убежище у испуганного отца, направился прямо в резиденцию Мурада и принес ему раскаяние в своем поступке.
«Безбожный, но разумный», по словам «Анналов» Па– химера, султан благосклонно принял пришельца, провел с ним несколько дней и, на прощанье снабдив дорожными припасами и богатыми подарками, отправил его обратно к отцу с письмом, в котором просил отца «простить сыну то, что он по неведению соделал». В своей же напутственной речи Мануилу, по сообщению того же источника, Мурад будто бы между прочим сказал: «Управляй с миром тем, что тебе принадлежит, и не ищи чужого. Если же у тебя будет какая-либо нужда в деньгах или в другом содействии, я всегда с радостью буду готов исполнить твою просьбу».