Несмотря на официальную идеологию имперского универсализма, достичь полного воссоединения территорий, утерянных в 1204 г., было невозможно, ведь уже на протяжении более полувека некоторыми из них правили латиняне. Императору не удавалось подчинить Эпир и Фессалию, а его попытки захватить побережье Эгейского моря и, в частности, справиться с местными пиратами, напротив, оказались вполне успешными.
В международной политике Михаил VIII проявил себя умелым политиком и искусным дипломатом. Для установления и упрочения партнерских отношений с другими государствами он заключал выгодные браки. Его дочери были выданы замуж за представителей правящих семейств Болгарии, Эпира и Трапезунда, еще две незаконнорожденные дочери – за монгольского и хулагуидского ханов.
Императору было необходимо заручиться поддержкой латинян, населявших его владения. Вероятно, отчасти поэтому он начал налаживать отношения с римской церковью, с 1262 г. пытаясь организовать переговоры о заключении церковного союза. Однако этот план провалился. Если споры между римской и православной церквями не вызывали серьезного сопротивления во времена Никейских соборов, то теперь ситуация в корне переменилась. На протяжении последующих десятилетий росло число противников церковной унии, к рядам которых примкнули и враждебно настроенные по отношению к власти арсениты. Начались жестокие репрессии против несогласных.
Между тем Михаил впервые за годы своего правления столкнулся с поистине серьезной угрозой: Карл I Анжуйский, младший брат французского короля Людовика IX Святого, в 1266 г. захватил Сицилию, а вслед за тем стал сюзереном свергнутого латинского императора Константинополя – Балдуина II де Куртене. Карл объявил, что готов возглавить крестовый поход и отвоевать город. К союзу примкнули Эпир и Морея, а это значило, что у Михаила не было шансов на победу над объединенным войском противника.
Чтобы отразить нависшую угрозу, император решил действовать в двух направлениях. Переговоры о заключении союза стали вестись более активно, и в 1274 г. на Втором Лионском соборе императорская делегация добилась подписания унии с римской церковью (Лионская уния). Ожидалось, что примирение церквей лишит Карла оснований для крестового похода против раскольников. Идея сработала, дав Михаилу время испробовать второй метод – тайную дипломатию. Император спровоцировал и профинансировал внедрение арагонцев и свержение анжуйской власти на Сицилии.
По мере того как Карл наращивал свой военный потенциал, ужесточались начатые Михаилом гонения на противников унии. Недовольных, однако, было много; среди них был не только простой люд, но и представители аристократии, в том числе близкие родственники самого Михаила. Сицилийская вечерня – кровавая расправа над французами на Сицилии, произошедшая в 1282 г., разбила надежды Анжуйской династии на сохранение власти на острове. Несколько месяцев спустя Михаил VIII скончался. Последнее десятилетие своей жизни он посвятил попыткам отвратить неминуемую угрозу с Запада. Цена, которую пришлось заплатить ему и его государству, оказалась чрезвычайно высокой. Арсенитский раскол усугублялся, антиуниатские позиции отстаивали и иосифиты (сторонники патриарха Иосифа I Галесиота, который выступил против унии и был низложен); государственная казна пребывала в плачевном состоянии (в немалой степени из-за огромных взяток, которые Михаил раздавал, чтобы выстроить и поддержать антианжуйскую политику), а император тем временем скончался вне лона церкви, и поначалу его даже отказывались хоронить согласно христианским традициям.
Сын Михаила Андроник II Палеолог Старший (1282–1321), чье самостоятельное правление было одним из самых продолжительных в истории Византийской империи, придерживался кардинально иного курса по сравнению с отцом. Молодой император аннулировал заключенную отцом унию (подписание которой он, однако, поддерживал, пока отец был жив) и призвал всех изгнанников вернуться в империю. Среди них был и Феодор Метохит, которому предстояло занять пост великого логофета (главного министра). Андроник затратил немало усилий на то, чтобы примирить иосифитов и арсенитов с церковью. Арсенитский раскол удалось преодолеть лишь в 1310 г. Позднее Арсений Авториан и Иосиф Галесиот, возглавлявшие эти течения, были причислены к лику святых. Выдающейся фигурой в ряду константинопольских патриархов этого периода был Афанасий I – неутомимый защитник бедных из семьи убежденных аскетов. Его жесткая политика перераспределения церковных доходов в пользу малоимущих, направленная в основном против патриархального духовенства и епископов, помогла ему обрести популярность среди низших слоев населения, однако навлекла на него ненависть светской и церковной элиты, в результате чего он дважды лишался духовного сана (в 1293 и 1309 гг.).