Для султана Мехмета разрешение избрать патриарха в самом начале 1454 г. было частью работы по упорядочиванию жизни греческого населения. Интересно, что сам Схоларий был предварительно выкуплен из плена в Адрианополе (как и многие люди, которых он потом рукоположил в епископы). То, что во главе Константинопольской церкви стал главный противник унии, соответствовало как мнению большинства верующих, так и политике султана: лишние контакты его новых подданных с католическим Западом были для турок совершенно нежелательны. Так, в 1454 г. Константинопольская церковь окончательно порывает с какой бы то ни было поддержкой флорентийских решений, а патриарх Геннадий Схоларий, с его авторитетом ученого человека и борца за православие, начинает работу по адаптации церковной жизни к новым условиям. Церковь получает полную свободу богослужения и церковного образования своей паствы, духовенство освобождается от налогов, однако патриарх становится лично ответственным перед султаном за все православное население империи. В Османской империи все подданные делились на «уммы» – этнорелигиозные общины. Константинопольский патриарх становится главой православной «уммы» в империи, независимо оттого, относились эти православные к Константинопольскому патриархату, или же к другим поместным православным церквам на Балканах, а потом и на Ближнем Востоке. Так, ответственности и влияния у патриарха стало, может быть, даже больше, чем было в византийское время, но и отвечал он перед мусульманским правителем своей головой в самом прямом смысле слова. Так, в начале греческого восстания 1821 г. патриарх Григорий V был в день Пасхи повешен турками на воротах своей патриархии… Такая система отношений была установлена в основных чертах фактически сразу, еще при Мехмете и Схоларии.
За краткое время управления Константинопольской церковью (от Богоявления 1454 г. до Богоявления 1456 г.) патриарх Геннадий старался собрать то, что осталось: выкупать из плена духовенство, искать храмы, уцелевшие от разрушения и пригодные для богослужения. В отношении таких вопросов, как путаница в браках, сложившаяся в условиях войны и переселений, и в отношении духовенства, придерживавшегося униатских симпатий, патриарх старался следовать политике «иконом
Так, после падения Константинополя кончился «имперский» период истории греческого народа и византийской церкви. И настали времена, по мнению патриарха Геннадия, похожие на первые века христианства.
Для греческого народа действительно кончился один – византийский и имперский – этап его истории и начался другой. Теперь фактически весь греческий народ оказался вновь в составе одного государства. Вне османского владычества до XVI в. останется большая община греков в Египте, хотя и там греки уже очень давно жили под властью мусульман. Ряд греческих островов еще останется под властью итальянских республик. А остров Корфу, например, так никогда и не был завоеван турками.
То, что раньше для греков было «государственным», теперь стало «национальным». Даже на уровне символики: двуглавый орел был в Византии государственным символом, после падения империи он становится для греков символом церковным и национальным. Греческая церковь перестала быть «имперской», но она ощутила себя национальной (особенно с учетом того, что о миссионерстве речи в мусульманском государстве идти не могло, а греки отличались от своих завоевателей в первую очередь именно верой).