Несомненно, что императоры второй половины V в., особенно Зинон и Анастасий, помнили об этих прецедентах, когда столкнулись с упорным сопротивлением халкидонской формуле со стороны огромного числа восточных христиан. Именно поэтому все они предпочитали сами решать современные церковные проблемы и публиковали указы о вере без соборной процедуры. Наиболее важный из этих указов, «Энотикон» Зинона (482 г.), имел законную силу до 518 г., когда был официально отменен Юстином I, вероятно, по совету (и определенно с согласия) своего племянника Юстиниана. Эти попытки императоров, ни одна из которых не оказалась успешной, были направлены на примирение восточной церкви, разорванной на части между приверженцами и противниками Халкидонского собора. Жесткая халкидонская политика Маркиана и Льва — логическое продолжение курса самого собора — показала, что одно лишь принуждение не могло помочь халкидонским епископам удержаться на главных восточных престолах — Александрии и Иерусалима. Но и противоположная политика, благоприятствующая монофизитству, также не работала; «Энкиклиону» Василиска (475), отвергавшему Халкидон, успешно противодействовал Акакий Константинопольский. Да и сам «Энотикон», образец догматического компромисса, несмотря на короткий первоначальный успех в восстановлении единства между Константинополем и Египтом, вскоре оказался бесполезен. С одной стороны, его существенная двусмысленность не сумела предотвратить на самом Востоке продолжение старой борьбы между дифизитами и монофизитами; с другой, его признание в империи повлекло непримиримую оппозицию со стороны христианского Запада, возглавляемую римским епископом.
Таким образом, хотя в течение всей второй половины V в. никто не собирался принципиально оспаривать признанный авторитет императора в религиозных делах, в действительности все по-настоящему убежденные в чем-либо меньшинства каждой из богословских партий в конечном счете готовы были бросить вызов императорской воле, если она противоречила их основным убеждениям. Ни Маркиану со Львом не удалось навязать своей воли Тимофею Элуру Александрийскому и церкви Египта, ни Анастасию — принудить патриархов своей собственной столицы признать монофизитскую интерпретацию «Энотикона». Однако и монофизиты, и халкидониты охотно пользовались, когда предоставлялась такая возможность, императорской поддержкой друг против друга.
Таким образом, в 518 г., когда Юстиниан с его изрядными имперскими амбициями взял под патронажем дяди Юстина I бразды правления в свои руки, он должен был столкнуться с достаточно парадоксальной ситуацией: в результате политики Анастасия два крупных церковных центра, Александрия и Антиохия, пребывали целиком под монофизитским контролем и под весьма талантливым руководством лучшего богослова постхалкидонского греческого Востока, Севира Антиохийского. Надежными центрами халкидонского православия оставались на Востоке лишь Константинополь и Палестина. Однако церковь «Нового Рима» лишилась поддержки, которой могла ожидать от папы «Ветхого Рима», так как, хотя Константинопольские епископы и были целиком халкидонитами и даже пострадали за веру при Анастасии, они содержали в диптихах имя Акакия, автора униональной политики Зинона. Отвергнутые за «халкидонитство», по всей видимости, большинством восточных христиан, столичные епископы, которым отводилась центральная роль в политике объединения империи, были отвергнуты и Римом как не вполне халкидониты. Разделенная на три большие части — Рим, халкидонский Восток и монофизиты, — имперская церковь, разумеется, не могла выполнять функцию объединения христианской . Так Юстиниан столкнулся с явно невыполнимой задачей примирения Рима, Константинополя и монофизитов.
Для достижения своей цели император использовал различные тактические приемы — от прямого принуждения до свободных богословских дискуссий с несогласными группировками. У него никогда не было ни малейшего сомнения в том, что Халкидонский собор должен был считаться неизменным выражением христианской веры: в 131-й новелле, изданной в 545 г., он провозгласил правила четырех соборов — Никейского, Константинопольского, Эфесского и Халкидонского — имперскими «законами», вероучительные определения этих соборов — «священным писанием». Для Юстиниана верность Халкидону была делом не только богословских убеждений, но и крайне необходимой политической целесообразности. Во время царствования Юстина, когда Юстиниан уже заведовал церковной политикой, и в первые годы собственного царствования, которое совпало с отвоеванием Африки и Италии, примирение с Римской Церковью, безусловно, было для него предметом первоочередной заботы. Нет сомнений, что в его глазах престиж «Ветхого Рима», а следовательно, и его епископов, был весьма велик; но этот престиж был еще и существенным аспектом его политических планов на Западе: империя просто не могла восстановить контроль над своими бывшими западными территориями без согласных действий императора и римского епископа.