Некоторое богословское размежевание между греческим Востоком и латинским Западом восходит по крайней мере к IV столетию. К примеру, троичное богословие выражалось по-разному каппадокийскими отцами и бл. Августином: если греки настаивали скорее на четком различении Лиц, то латиняне придавали большее значение философским определениям Бога как единой простой сущности. По отношению к монофизитству латиняне и греки часто также занимали расходящиеся позиции: «Ветхий Рим» предпочитал строго держаться подлинной халкидонской формулы о «двух естествах», тогда как Константинополь склонен был вспоминать слова св. Кирилла Александрийского об «одной воплощенной природе». Возрастало и число дисциплинарных и богослужебных расхождений.
Однако более всех иных различий напряжение в отношениях между Востоком и Западом начали создавать экклезиологические вопросы, особенно же возрастающее расхождение в понимании римского первенства. Как мы уже видели, ведущее положение Рима, против которого Византия никогда не возражала, объяснялось (как и преимущества ряда восточных престолов) прагматическими соображениями, тогда как апостольское происхождение кафедры не играло решающей роли. Это прагматическое объяснение было запечатлено в соборных постановлениях, которые Восток считал общей традицией, хотя римляне в свое время и протестовали против обнародования текстов, отрицавших, что Рим получил свое первенство от Христа через апостола Петра. К счастью, в течение ряда столетий обе стороны воздерживались от того, чтобы доводить эти расхождения до полного разрыва отношений. Однако в IX, X и XI веках начали накапливаться конфликты, в которых культурные и политические элементы переплелись с догматическими и дисциплинарными вопросами.
В иконоборческий и последующий за ним периоды главным источником конфликта стала проблема
Разделению способствовали и некоторые вопросы дисциплинарной и богослужебной практики. Сюда относится употребление опресноков в латинской Евхаристии, принудительный целибат священства на Западе (тогда как на Востоке рукоположение состоящих в браке разрешалось) и различия в правилах поста. Такого рода вопросы вышли на первый план особенно во время известного инцидента, столкнувшего легатов папы Льва IX с патриархом Михаилом Керуларием (1054 г.). Это столкновение часто ошибочно считается началом раскола; на самом же деле оно явилось скорее неудачной попыткой исправить уже существовавшее размежевание.