Работы Т. Д. Лысенко в биологии и сельском хозяйстве получили признание и высокую оценку ещё в 1930-х гг. Теорию стадийного развития, разработанную Т. Д. Лысенко, поддержал видный агроном, академик В. Р. Вильямс и тогдашний президент ВАСХНИЛ Н. И. Вавилов, назвавший её "крупнейшим достижением в области физиологии растений за последнее десятилетие". В 1932 году теория стадийного развития была доложена Вавиловым на VI съезде генетиков, проходившем в США. После своего возвращения Вавилов заявил, что "принципиально новых открытий… чего-либо равноценного работе Лысенко, мы ни в США, ни в Канаде не встречали
". В 1933 году Вавилов представил работу Лысенко на соискание премии им. Ленина, а в 1934 году он рекомендовал Лысенко в члены-корреспонденты АН Украины. Яровизация зерновых также была высоко оценена Н. И. Вавиловым, и не только как средство повышения урожайности, но и как метод, позволяющий ускорить выведение новых сортов, особенно при работе с собранной в ВИРе коллекцией семян: сорта, имевшие разные сроки цветения, можно было, применяя яровизацию и сближая таким образом их межфазные периоды развития, скрещивать друг с другом. В 1935 году Т. Д. Лысенко стал академиком недавно созданной академии сельскохозяйственных наук, а в 1938 году был назначен её президентом. В 1939 году Т. Д. Лысенко был избран в Академию наук СССР. В марте 1941 года за разработку и внедрение методики летних посадок картофеля Т. Д. Лысенко, вместе с группой коллег, была присуждена Сталинская премия первой степени. По рассказам родственников Трофима Денисовича, он долго не брал свою часть премии, за что, в конце концов, получил замечание от Сталина. В июне же, когда СССР вступил в войну с Германией, он перечислил причитавшуюся ему денежную часть премии на нужды фронта.
В начале войны Академия наук была эвакуирована в г. Куйбышев, а президиум ВАСХНИЛ — в Омск. Т. Д. Лысенко работал в Омске, Красноярском крае и Казахстане, ставшими основными житницами СССР. Для оперативного руководства сельским хозяйством он был назначен главным агрономом наркомата земледелия. Как президент ВАСХНИЛ он руководил организацией исследований, направленных на обеспечение продовольствием армии и населения. Его собственная теоретическая и практическая деятельность в то время была подчинена той же задаче — увеличению сельскохозяйственного производства. Как писал сам Лысенко, "с первых дней Великой Отечественной войны, навязанной нашей стране германским фашизмом, всю свою научную деятельность и работу всего коллектива, тесно со мной работающего, мы направили исключительно на решение сугубо важных научных вопросов, помогающее в тяжёлые дни войны колхозам и совхозам увеличивать продовольственные и сырьевые ресурсы страны. На решении этих вопросов только и было сосредоточено наше внимание. В военное время колхозы и совхозы особенно остро чувствуют потребность в помощи агробиологической науки. Война потребовала от сельского хозяйства быстрого решения больших и малых вопросов, направленных на удовлетворение возросших нужд нашей страны, нашей доблестной Красной Армии в пищевых и сырьевых ресурсах"
[3].