Пострадавшую от пожара роспись собора возобновлял присланный из Москвы в 1408 году великий живописец Андрей Рублев вместе со своим сотоварищем Даниилом Черным и учениками. Собственно, им пришлось расписывать собор заново, лишь придерживаясь в основном старой системы размещения сюжетов. Рассматривая эти фрески, нужно помнить, что они лишь в малой степени отвечают их былой красоте — испытавшие многократные повреждения и невежественные «поновления», они местами утеряли даже красочный слой.
Основная часть сохранившихся фресок находится под хорами и связана с многосложной композицией Страшного суда. На арке изображены трубящие ангелы (илл. 15), зовущие на суд мертвецов, в ее замке огромная рука, зажавшая в горсть маленьких человечков, — буквальная и наивная иллюстрация текста «души праведных — в руце ожией». На своде, в ореоле из многокрылых серафимов, — фигура судии-Христа, над головой которого ангелы свертывают свиток небес; тут же в медальоне — символы «четырех царств» — четыре зверя. На стене под сводом — престол суда, к которому припадают, моля за род человеческий, «праотцы» Адам и Ева, богоматерь и Иоанн Предтеча. Здесь же апостолы Петр и Павел, старейшины представленного на склонах свода апостольского трибунала с сонмом ангелов (илл. 15, 17, 20). На плоскости северного подхорного столба — видение ангела пророку Даниилу. На противоположной, южной, стороне, над аркой, — интереснейшая, но почти потухшая часть композиции: земля и море, персонифицированные в женских образах, с символом моря — кораблем — отдают своих мертвецов. Далее, с плоскости южного подхорного столба, начинается заключительная картина суда — шествие праведных в рай, — переходящая на малую южную арку и склон юго-западного свода под хорами, где представлена головная часть процессии, ведомой апостолом Павлом (илл. 16). На стенке южной арки — деревянные врата рая, охраняемые херувимом с огненным мечом, и фигура «благоразумного разбойника» — первого райского поселенца. Далее, на склоне арки, — самый рай с тремя «праотцами», где за пазухой у Авраама сидят человечки — праведные души, и рядом души, ожидающие очереди в «лоно Авраамово»; наконец, на северной щеке арки — «царица небесная» с ангелами. Таково содержание росписи с ее древними и наивными образными представлениями.
В северной части под хорами должны были размещаться не дошедшие до нас картины судьбы грешников и самых адских мучений. Мы не знаем, как выглядела эта страшная картина казней. Но сохранившиеся части позволяют говорить о том, что в сознании людей и художников эпохи возрождения Руси представление о Страшном суде глубоко изменилось. Перенесенные народом в пору монгольского ига страдания ушли в прошлое, разгром полчищ Мамая на Куликовом поле предрешал конец монгольской зависимости, страна входила в пору нового подъема, мрак уступал свету надежд. Отсюда — проникающая рублевскую роспись умиротворенность и радостность. Образы судии-Христа, апостолов и ангелов лишены суровости и строгости, в них нет ничего грозного и пугающего. Самые фигуры приобрели стройный, юношеский склад — у них изящные маленькие головы, покатые плечи. В ликах святых и праведников, напоминающих лица простых русских людей, Андрей Рублев и Даниил Черный стремились воплотить нравственный идеал той героической поры, сообщив им выражение душевной стойкости и нравственной чистоты (илл. 18, 19).
Особой одухотворенностью и красотой отмечены фигуры трубящих ангелов на входной арке. В них нет ничего от грозных вестников Страшного суда, поднимающих мертвецов вселенной. Их тела девически стройны, гибки и почти невесомы; изящны прекрасные головы на тонких шеях; они проникнуты легким движением, словно художник хотел передать неуловимое мгновение, когда еще не потухла сила полета и ступни едва коснулись земли; тонкие трубы в руках вестников судилища неспособны к ужасающему звуку и похожи на пастушеские свирели. Много общего с трубящими ангелами в могучих обнаженных фигурах бородатых отшельников в арке южной стены, чьи тела характеризуются той же женственной округлостью форм и как бы струящимся контуром. Если сопоставить эти фигуры с расположенными рядом строгими и неподвижными изображениями Артемия и Авраамия 1189 года (илл.14), то будет ясна глубокая противоположность отраженных в искусстве мировоззрений двух эпох.