Но этим дело не кончилось. До Москвы дошли слухи, что Соломония-София в монастыре стала матерью сына, которого назвала Георгием. Было срочно наряжено следствие. Ребенку грозила смерть. Легенда уверяет, что Соломония спасла его, отдав сына верным людям и пустив слух, что ребенок умер, и инсценировав его «погребение». Это народное предание, казавшееся занятной выдумкой, нашло неожиданное археологическое подтверждение. При ликвидации в 1934 году усыпальницы в подклете Покровского собора рядом с гробницей Соломонии было обнаружено маленькое белокаменное надгробие XVI века, под которым в небольшой деревянной колоде, обмазанной внутри известью, лежал истлевший сверток тряпья, — видимо, искусно подделанная кукла, одетая в дорогую шелковую рубашечку и спеленутая шитым жемчугом свивальником… Такова темная страница в истории «быта русских царей и цариц», связанная с памятниками Покровского монастыря … Ею, по понятным причинам, интересовался и наследник Василия III, сын Елены Глинской, Иван Грозный, затребовавший к себе архивные материалы следственного дела о «неплодии» Соломонии, впоследствии исчезнувшие.
Покровская «обитель» играла не раз и позднее мрачную роль женской духовной тюрьмы. Здесь постригались почти исключительно представительницы знатных царских и боярских родов, они умирали в монастыре и погребались в усыпальнице под собором и около него. Здесь были гробницы Нагих, Горбатых, Шуйских и других. В монастырь стекались богатейшие вклады, росли его земельные владения. К XVIII веку монастырь имел 7427 крепостных. Сама могила Соломонии стала источником дохода: в бурной обстановке городских и крестьянских восстаний XVII столетия церковь стремилась поддержать свой авторитет созданием новых «святынь» и реликвий. В 1650 году патриарх Иосиф признал Соломонию святой, и ее гробница стала «источать чудеса», привлекавшие темный люд и обогащавшие монастырскую казну.
Ограда Покровского монастыря была частично каменной уже в XVI веке, но существующая состоит из частей XVII и XVIII веков. Древние участки ограды сохранили обычную для настоящих оборонительных стен конструкцию: с внутренней стороны устроены глухие арки, являющиеся опорой для деревянного боевого хода вдоль стены; выше идет кирпичный парапет с узкими бойницами. Участок такой конструкции восстановлен в 1957 году А. Д. Варгановым в юго-западном углу ограды. Сохранившиеся в северной половине монастыря старые шатровые башни XVII века очень суровы, почти лишены какого-либо убора (илл. 92); боевой роли они не играли и были, в сущности, чисто архитектурными, декоративными элементами ограды. Однако любопытно, что за ними, внутри монастыря, лежит вторая линия стен, выделяющая особый внутренний дворик. Башни XVIII века наряднее: их восьмигранные столпы расчленены на ярусы горизонтальными тягами: в верхнем ярусе — ниши узких окон, производящие впечатление аркатурно-колончатого пояса. В этом, может быть, сказалось желание зодчего подражать богатому убранству главной башни Спасо-Евфимиева монастыря. Возможно, что башни XVIII века первоначально завершались деревянными шатрами, что связывало их со старыми шатровыми башнями.
В южной стене ограды был главный вход в монастырь через Святые ворота с Благовещенской церковью над ними, построенные, как и другие здания монастыря, около 1518 года по заказу Василия III. Это один из лучших и своеобразных памятников суздальской архитектуры XVI века (реставрирован в 1958 г. А. Д. Варгановым; илл. 91).
Большая арка проезда несколько сдвинута к востоку. В смежной стене помещена лестница, ведущая наверх. В центре возвышается маленькая надвратная церковка, крытая сомкнутым сводом. Ее трехчастные фасады, завершенные закомарами, с главой, поднятой на ярусе кокошников, возвышаются над кровлями окружающих ее с трех сторон узеньких папертей, открывающихся наружу своими арками. В восточных частях галереи помещаются приделы-молельни, оформленные в виде крошечных церковок, каждая со своими кокошниками и со своей главкой. Нечто игрушечное есть в этом интимном храмике, предназначавшемся, видимо, для частных служб, на которых присутствовало два-три человека. Трехглавие надвратной церкви вновь напоминает о древнем трехглавии кремлевского собора. Любопытно, что алтарные апсиды, столь существенный элемент культового здания, благодаря миниатюрности храма почти не выделены внутри, а снаружи они лишь намечены. Главный, южный фасад Святых ворот снизу доверху убран поясками поребрика, обрамленного валиками и ширинками различной величины. Они расположены с прихотливой свободой, словно зодчий не выкладывал их из кирпича, а резал из дерева. Эта примечательная особенность убранства здания сообщает его облику задушевную простоту и непосредственность.