Кёппен неоднократно высказывался о проблеме организации научной деятельности в крупных институтах, заключающейся в противоречии между «рутинной работой» и собственно научными исследованиями, что он тяжело переживал.
В докладе на общем праздничном собрании по случаю 25-летия основания Германской морской обсерватории в Гамбурге в 1908 году он сказал следующее (Мет. журн., 1909).
Кёппен был верным и бескорыстным товарищем, прекрасным собеседником, поддерживающим и вдохновляющим коллег в личных беседах и общении.
После смерти в 1906 году своего единомышленника, метеоролога Адольфа Шпрунга (ассистент Кёппена с 1876-го по 1886 год), он писал в некрологе в «Метеорологическом журнале»:
Все же он еще раз в полной мере испытал это счастье интенсивной, плодотворной, вдохновляющей совместной работы, когда в 1910 году начал активную переписку и обмен идеями со своим будущим зятем Альфредом Вегенером. Отношения стали еще ближе, когда Вегенеры в 1919 году переехали в дом Кёппена. Это была встреча двух единомышленников, которые соответствовали друг другу по своему интеллекту, человеческим качествам, доброте и отзывчивости.
Кёппен перешел в метеорологию из биологии. Его склонность к биологии впоследствии проявлялась в работах по климатологии, где он увязывал результаты метеорологических исследований с живой природой и человеком. Его научные интересы распространялись за пределы метеорологии. Он занимался вопросами философии, истории и опубликовал по ним ряд работ.
В течение 44 лет Кёппен вел необычайно плодотворную деятельность в Германской морской обсерватории в Гамбурге. Оставив свой пост в 1919 году, он после этого еще более 20 лет занимался научной деятельностью. Его жизнь была чрезвычайно насыщена творческими идеями и научными успехами.