Определенные надежды Ельцин возлагал также на Александра Лебедя, передавшего ему значительную часть голосов своих сторонников и ставшему взамен одним из высших должностных лиц Российской Федерации. От бравого десантника, начертавшего на своих предвыборных знаменах ключевое для России слово «порядок», ожидали, что он железной рукой обуздает преступность и, в частности, пресечет деятельность военно-криминального клана, возникшего при Грачеве в недрах министерства обороны, а, главное, поможет Ельцину как можно скорее выбраться из трясины Чеченской войны. Лебедю действительно быстро удалось установить контакт с чеченским руководством. Этому способствовали резкая критика генералом силового метода разрешения конфликта и его высокий авторитет в армейской среде. Позднее он рассказывал, что просто поехал в Грозный и дал «слово офицера». Ситуация по степени сложности напоминала гордиев узел, так как было невозможно пойти навстречу требованиям чеченцев и предоставить им независимость и одновременно сохранить Чечню в составе Российской Федерации. Тем не менее Лебедю удалось найти достойный, по его мнению, выход из положения. Уже через месяц после выборов он сумел достичь компромисса. В сентябре 1996 года вместе с несколькими полевыми командирами и старейшинами в дагестанском селении Хасавюрт было подписано соглашение, согласно которому Чечне временно предоставлялся так называемый «отложенный статут». Хотя Лебедь фактически признал поражение России в войне на Северном Кавказе, сам факт прекращения боевых действий способствовал росту его популярности.
Президент, глава правительства, «ключевые министры» и многие депутаты парламента скрепя сердце одобрили Хасавюртское соглашение. Однако в большинстве своем российская политическая элита неприязненно восприняла акцию Лебедя. На новоявленного секретаря Совета безопасности обрушился шквал критики. Не только коммунисты и националисты, но и часть демократов обвиняла его в измене национальным интересам и нарушении принципа территориальной целостности страны. Но были и реальные основания сомневаться в необходимости Хасавюртских договоренностей, ибо после них, вопреки ожиданиям, террористические акты и захваты заложников не прекратились. Применяемая чеченскими полевыми командирами тактика устрашения вынуждала российские власти не только выплачивать им огромные суммы выкупа за освобождение похищенных, но и прислушиваться к их политическим требованиям. Однако в продолжении «странной» Чеченской войны были заинтересованы главным образом те, кто нажил на ней баснословные состояния. Многие высокопоставленные армейские генералы оказались причастными к нелегальным поставкам оружия и боеприпасов в Чечню. Коррумпированные московские политики активно лоббировали выдачу «Республике Ичкерия» лицензий на вывоз нефти через российские терминалы и доставку ее на переработку в Грозный из северных областей, заведомо зная, что вырученные деньги никогда не поступят в бюджет страны. Не следует забывать также о федеральном финансировании программы восстановления чеченской экономики, сопровождавшуюся исчезновением миллиардов рублей.
Черномырдин и Чубайс, несмотря на сильные разногласия, готовы были временно объединить усилия и не позволить Лебедю расширить властные полномочия. Они располагали многочисленными административными рычагами и мощными финансовыми ресурсами. Генерал же не имел таких возможностей. Вначале в кремлевских кабинетах надеялись, что данное обстоятельство умерит политические амбиции бывшего командарма, и «одиноким волком» будет гораздо легче управлять.
Однако вскоре выяснилось, что на новом посту Лебедь представляет собой еще большую угрозу Ельцину и его окружению. Впервые такой влиятельный орган государственной власти, как Совет безопасности фактически возглавил не чиновник, а генерал, не скрывавший своих честолюбивых устремлений и авторитарных замашек. Окрыленный первым дипломатическим успехом и убежденный в стабильности своего рейтинга как в вооруженных силах, так и в обществе, Лебедь чуть ли не каждым словом и жестом демонстрировал, что на очередном крутом повороте российской истории готов выступить в роли «спасителя отечества» от криминального беспредела, чиновничьей коррупции и «демократического произвола».
Неожиданно у Лебедя пробудился интерес к внешней политике. Он изъявил готовность принять участие в переговорах с Украиной об окончательном определении правового статуса Черноморского флота, без согласования с высшими инстанциями решил ускорить процесс объединения России и Белоруссии и опять же без санкции сверху самостоятельно запланировал ряд поездок в США и страны Западной Европы, где его уже считали наиболее вероятным преемником Ельцина. Когда же Лебедь призвал офицеров своей бывшей элитной Тульской воздушно-десантной дивизии не выходить на службу до полной выплаты задолженности по зарплате, в Кремле решили, что пора унять зарвавшегося генерала.