Расчет сотрудников предвыборного штаба действующего президента полностью оправдался. 16 июня 1996 года он получил в первом туре 32% голосов, опередив на три процента Зюганова. От исхода голосования во втором туре зависело, кто из двух самых известных на тот момент российских политиков подведет страну к порогу третьего тысячелетия. За ним с большим отрывом следовали неожиданно набравший 14,7% голосов генерал Лебедь и лидер отстаивавшего либеральные ценности движения «Яблоко» (7,4%) Явлинский. За Жириновского, в 1993 году получившего поддержку трети электората и долгое время олицетворявшего собой очень опасную «третью силу», проголосовали лишь 5,8% избирателей. После такого сокрушительного поражения он утратил всякое политическое влияние.
Итоги президентских выборов 1996 года еще раз подтвердили, что предвыборный расклад за последние годы почти не изменился. В 2000 году в России также не произошло каких-либо принципиальных изменений в расстановке политических фигур. Реформаторов поддержали приблизительно 40% избирателей. Коммунисты и их союзники получили около трети голосов. Несколько меньшее количество граждан — примерно 20–30% — проголосовало за представителя «третьей силы», по своим идеологическим пристрастиям отличавшегося от коммунистов и демократов и считавшего первоочередной задачей восстановление государственности в полном объеме и обеспечение охраны общественного порядка. Результаты первого тура определили дальнейшую тактику предвыборного штаба Ельцина, возглавляемого Чубайсом. Как известно, в работе его санкт-петербургского отделения активно участвовал Путин. Было совершенно очевидно, что во втором туре Ельцина поддержит часть электората Явлинского и многие антикоммунисты из числа сторонников Жириновского. Поэтому президенту требовалось лишь привлечь на свою сторону тех, кто превыше всего ставил «закон и порядок», то есть избирателей Лебедя. Именно они должны были окончательно склонить чашу весов в пользу Ельцина.
Советники президента спешно попытались договориться с Лебедем. Харизматический генерал с незапятнанной репутацией, успевший зарекомендовать себя как решительный борец с коррупцией, должен был помочь поднять авторитет Ельцина и сделать его образ более привлекательным в глазах подавляющего большинства населения. Лебедю был предложен пост секретаря Совета безопасности. Занимающий эту должность считался одним из наиболее влиятельных российских чиновников, так как в его служебные обязанности, в первую очередь, входил контроль за так называемыми «силовыми ведомствами» — армией, министерством внутренних дел и спецслужбами — и стратегически важными отраслями экономики. Лебедь согласился поддержать президента, но, воспользовавшись благоприятным моментом, потребовал взамен дополнительных полномочий и включения своих требований «наведения порядка в стране» в политическую программу президента.
Стремление любым путем добиться победы во втором туре заставило Ельцина принять все условия генерала. Лебедь еще не успел освоиться в новой должности, как президент одним росчерком пера уволил в отставку нескольких своих приближенных, в том числе трех «силовиков». Своих портфелей за ночь лишились министр обороны Грачев, директор Федеральной службы безопасности Барсуков, предшественник Лебедя на посту секретаря Совета безопасности Лобов и первый вице-премьер Сосковец, одно время считавшийся наиболее вероятным преемником Ельцина. Президент не пощадил даже Александра Коржакова, много лет возглавлявшего его личную охрану. После попытки государственного переворота осенью 1993 года эти люди создали своеобразный административно-силовой блок, якобы для защиты президента от любых посягательств на его власть. На самом деле они практически изолировали его от внешнего мира. В частности, Коржаков постоянно «наращивал мускулы» своего ведомства, стремясь максимально расширить его полномочия и подмять под себя другие спецслужбы. К началу президентской гонки он уже успел подчинить себе знаменитую спецгруппу по борьбе с терроризмом «Альфа», считавшуюся одним из элитных подразделений бывшего КГБ, и «держал под колпаком» уже не только президента, но и многих армейских генералов, высокопоставленных чиновников МВД и региональных лидеров, а также всерьез намеревался установить контроль над такими надежными источниками дохода, как экспорт нефти и оружия. Во время частых «больничных отлучек» Ельцина «тройка» во главе с Коржаковым фактически управляла страной; вполне возможно, что именно она развязала войну в Чечне осенью 1994 года.