Предательство капитанов поставило Албукерки в безнадежное положение, потому что один из ренегатов сообщил султану об их разногласиях с адмиралом. Получив эту информацию и обнаружив, что теперь ему угрожают только три корабля, султан осмелел и наотрез отказался поставлять материалы для строительства. Понимая, что теперь у него нет власти, чтобы навязать султану свою волю, и не желая идти на риск, не имея надежды на успех, адмирал с большой неохотой снялся с якоря после осенней смены направления муссонов, чтобы проверить состояние форта и гарнизона на Сокотре. Но он обещал султану, что непременно вернется. На переходе его покинул, взяв курс на Индию, еще один корабль, и в распоряжении Албукерки, кроме флагманского корабля, остался еще только один. На Сокотре он провел зиму, выполнил необходимый ремонт оставшихся двух кораблей и пополнил запасы, а после прибытия еще двух кораблей из Португалии, дождавшись весеннего изменения направления муссонов, в 1509 году вернулся к Ормузу.