Власть Филиппа II над церковью была более полной, чем над каким-либо другим учреждением в Испании. Испанская церковь приобрела почти полную независимость от Рима, в отличие от многих других стран Европы, без политических потрясений и конфликтов. В октябре 1572 г. папа римский утратил юрисдикцию на Пиренейском полуострове, и хозяином положения стала корона. Это опровергает мнение ряда биографов Филиппа II, утверждавших, что политика испанского короля полностью соответствовала его религиозности. Набожность вообще была свойственна испанцам того времени. Сам же Филипп рассматривал религию как чрезвычайно важную область жизни, которую нельзя оставлять во власти папы. Он боялся, что распространение Реформации и ересей будет угрожать целостности его владений, и поэтому стремился искоренить их на подвластных территориях. Его главным желанием было превращение испанской монархии в неприступную крепость, о которую бы разбивались волны лжеучений, заполнявших Европу.
Филиппа II сильно угнетала проблема престолонаследия. Его первенец, дон Карлос, сын португальской принцессы Марии, родился очень слабым ребенком. В юности его отличали раздражительность, тяжелый характер и полная непригодность к умственным занятиям. Тем не менее это не помешало немецкому императору Максимилиану II, приходившемуся испанскому королю кузеном, начать переговоры о браке между доном Карлосом и своей дочерью Анной. Габсбурги с помощью австро-испанских браков хотели сохранить династию и союз. Однако этот брак не осуществился. Герцог Альба в 1562 г. говорил: «Отсутствие здоровья у принца вместе с другими недостатками, как телесными, так и умственными, делают Его Высочество менее зрелым, чем это полагается ему по возрасту». Инфант легко приходил в бешенство по ничтожнейшему поводу, пытался нанести ранения кардиналу Эспиносе и герцогу Альбе. В приступе то ли озлобления, то ли ненависти к отцу он выразил симпатии к нидерландским повстанцам. Легенда о его любви к мачехе Елизавете Валуа появилась значительно позже и, в общем-то, не соответствует действительности, хотя и вдохновила немецкого поэта Фридриха Шиллера на создание прекрасной драмы, а итальянского композитора Джузеппе Верди — замечательной оперы.