На мостике "Ямато", который шел полным ходом на восток к точке рандеву, адмирал Ямамото, казалось, совершенно не отреагировал на сообщение о столкновении "Могами" и "Микума". Ничто не могло сравниться с тем шагом, который главнокомандующий был вынужден предпринять в 2.55. Поставленный перед лицом фактов, Ямамото радировал всем своим командующим: "Оккупация "AF" отменяется". Когда капитан 2-го ранга Ватанабе спросил адмирала, не преждевременно ли его решение, Ямамото ответил: "Саси суги", что приблизительно означает: "Цена итак уже слишком высока". Перед восходом солнца Ямамото принял другое, не менее тяжелое решение. В 4.50 адмирал, снова поставленный перед лицом неумолимых фактов, приказал затопить свой любимый "Акаги". На фоне этих событий столкновение двух его крейсеров выглядело уже не очень значительным.
Капитан 3-го ранга Джон Мэрфи, командир подводной лодки "Тембор", повернул свой перископ, внимательно изучая два крейсера, за которыми он следовал по пятам. Всю ночь он никак не мог опознать их, но сейчас, с первыми лучами рассвета, все сомнения исчезли — характерные изогнутые трубы ясно говорили о том, что перед ним корабли противника. Приглядевшись, Мэрфи даже определил, что это были крейсера типа "Могами". Они шли на запад, и Мэрфи было трудно выйти в атаку, так что около 5 часов утра он передал сообщение: "Множество надводных кораблей на удалении 89 миль от Мидуэя".
На Мидуэе были готовы к самому худшему. В донесении о контакте с противником, переданном подводной лодкой "Тембор", ничего не говорилось о курсе "большого количества кораблей", но дистанция 89 миль выглядела очень вероятной. В 5.10 капитан Брук Аллеи повел 8 "летающих крепостей" для первого удара по этим кораблям. Но рано утром туман, висевший над морем, был еще слишком густым, и "летающие крепости" ничего не обнаружили. До 6.00 они бесцельно кружились над атоллом Куре.
Первая информация, определившая обстановку, пришла в 6.30 с одной из летающих лодок, которая доложила о "двух линейных кораблях, оставляющих за собой след вытекающего горючего", идущих на запад в 125 милях от Мидуэя. Стало ясно, что корабли противника отходят, и на Мидуэе облегченно вздохнули.
В 7.00 первыми в преследование противника были брошены пикирующие бомбардировщики морской пехоты. В составе 241-й авиагруппы оставалось только 12 машин. За два дня в ней уже сменилось три командира. На этот раз молодых пилотов вел в атаку капитан Маршалл Тайлер. Через 45 минут летчики морской пехоты обнаружили широкий след вытекшего мазута, ведущий прямо на запад. Еще через 20 минут были обнаружены и сами цели — два больших корабля, уже ощетинившихся зенитным огнем. Один из этих кораблей оставлял след вытекающего мазута, у второго был поврежден нос. Неподалеку от них шла пара эсминцев.
В 8.08 бомбардировщики морской пехоты начали атаку. Первым пикировал Тайлер с шестью уцелевшими "Донтлесами", но не добился ни одного попадания. Затем подошел капитан Флеминг с "Виндикейторами", атаковав противника с пологого пикирования. Никто из них также не добился попадания. На подлете к цели самолет Флеминга начал гореть. Однако капитан продолжал идти в атаку, выйдя на цель и сбросив бомбу. Затем, мелькнув в воздухе огненной кометой, капитан Флеминг врезался на своем горящем бомбардировщике в кормовую башню японского крейсера.
"Боже, какой герой!" — со смешанным чувством ужаса и восхищения подумал капитан 1-го ранга Акира Содзи, наблюдая с мостика "Могами", как американский бомбардировщик врезался в крейсер "Микума". "Могами" также пострадал от близких разрывов — некоторые из них прогрохотали буквально в 10 ярдах от борта. Осколки изрешетили мостик и дымовую трубу, но не причинили серьезных повреждений. Крейсеру "Микума" пришлось гораздо хуже. Когда самолет капитана Флеминга врезался в башню, на корабле вспыхнул сильный пожар, перебросившийся во внутренние помещения, захватив машинное отделение правого борта. Оба крейсера продолжали ковылять на запад со скоростью 12 узлов, но "Микума" уже не мог больше эскортировать поврежденный "Могами". Благодаря доблести капитана Флеминга, этому японскому крейсеру теперь приходилось заботиться только о самом себе.
Получив сообщение с подводной лодки "Тембор" о "множестве надводных кораблей в 89 милях от Мидуэя", адмирал Спрюэнс сильно встревожился. Подобно многим другим, он считал возможность вторжения на атолл очень вероятной. В 5.20 он повернул свои авианосцы на юго-запад и направился прямо к Мидуэю со скоростью 25 узлов.