5 марта Бонапарт представил правительству другую записку, содержащую разъяснение приготовлений, необходимых для экспедиции с целью завоевания Египта и Мальты. В тот же день Директория издала ряд декретов, утверждавших комиссию по организации береговой обороны Средиземного моря, под прикрытием которой должны были совершаться упомянутые приготовления; при этом указывались и неотложные меры.
Судам, стоявшим в Тулоне, предписывалось приготовиться к выходу в море 4 апреля. Адмиралу Брюэсу, не имевшему возможности идти в Брест за недостатком провизии, 12 февраля было приказано отправиться в Тулон. Он прибыл туда со своей эскадрой 2 апреля и был назначен начальником морской части экспедиции, состоявшей из тринадцати линейных кораблей с несколькими судами меньших размеров. Все приготовления совершались с величайшей энергией, но все-таки сильно запоздали вследствие крайнего недостатка морских припасов, провизии и денег. Еще большее затруднение представлялось в нехватке матросов. Выгоды службы на приватирах привлекли почти всех матросов республики, и большое число их попало в британские тюрьмы – печальный результат столь восхвалявшейся крейсерской войны. Истинная цель всей этой деятельности по-прежнему прикрывалась ложным предлогом вторжения в Англию, и сам Бонапарт, чтобы обмануть общественное мнение, оставался до последнего момента в Париже. По настойчивому требованию Директории испанский флот в Кадисе должен был сделать вид, что собирается скоро выйти в море с целью удержать корабли Сент-Винсента у этого порта и поддержать легко возникавшие опасения британцев, что Франция готовится к вторжению в Ирландию. Однако столь обширные мероприятия не могли не возбудить толков и подозрений. Действительные намерения Директории держались в столь непроницаемом секрете, что после того, как экспедиция уже отплыла из Тулона, командир этого порта писал морскому министру: «Я знаю о назначении эскадры не более чем знал бы, если бы она не принадлежала республике». Невозможно было скрыть очевидный факт, что Марсель, Генуя, Чивитавеккья и Корсика деятельно и поспешно готовились к большой морской экспедиции, каково бы ни было ее назначение. Ясно было поэтому, что Франция готова была на время подставить себя на море под удары Великобритании, и правительство последней решило не упускать такого случая.