Если во время этой знаменитой погони Нельсон и сделал серьезную ошибку, то именно по своем прибыли в Александрию. После тщательного обсуждения всех данных он пришел к заключению – верному, как показало дело, что французы направлялись в Египет, и вполне понял, насколько это угрожает британскому владычеству в Индии. Зная время отплытия французов с Мальты, а также и то, что с ними идет многочисленный отряд транспортов, он, казалось бы, не должен был так скоро отказаться от проверки упомянутого заключения. Было бы логичнее, если бы он выждал некоторое время у порта, чтобы убедиться в том, не перегнала ли его однородная эскадра нестройный караван неприятеля. Нельсон, обманувшись в своих ожиданиях, по-видимому, понимал свой промах, предпринял активный поиск французов по всей восточной части Средиземного моря. «Его деятельный и беспокойный характер, – писал сэр Эдвард Берри, бывший в качестве командира флагманского судна каждый день свидетелем его настроения, – не позволял ему оставаться ни минуту на одном месте, поэтому он и направил эскадру к северу. Единственной его мыслью теперь было возвратиться к западу, уклонившись на этот раз севернее того пути, которым пришел в Александрию, чтобы увеличить шансы на получение сведений от встречных судов. Согласно этому, эскадра его шла к северу, пока не открылся берег Малой Азии, и затем, повернув назад, лавировала по направлению к южному побережью Кандии, причем до прохождения этого острова не встретила ни одного судна. 19 июля, прибыв в Сиракузы, Нельсон написал британскому посланнику в Неаполе, что, сделав круг в шестьсот лиг с величайшей поспешностью, он все-таки остается в таком же неведении относительно местонахождения противника, как и четыре недели назад. Затем, налившись водой, которая была уже на исходе, он 24-го числа снова отплыл в Александрию, так как убедился по крайней мере в том, что Бонапарт не на Корфу и не к западу от него. 1 августа показались городские минареты, а вскоре затем и весь порт, с французским флагом на его стенах и полный судов, среди которых, к горькому разочарованию Нельсона, не было ни одного большого военного судна. Но в час пополудни один из кораблей его эскадры дал сигнал, что в двенадцати или тринадцати милях к востоку от Александрии, в Абукирской бухте, стоят на якоре несколько линейных кораблей. Нельсон, столь же быстро решившись на атаку, как Бонапарт на высадку войск на берег, не дал более шансов переменчивой судьбе, столь долго не благоприятствовавшей ему, опять обмануть его и при свежем ветре немедленно устремился к противнику.
Ни по характеру якорного места, ни по диспозиции своей французский флот не был подготовлен к принятию атаки, столь внезапно и неожиданно обрушившейся на него. Через два дня после того, как армия высадилась на берег, главнокомандующий отдал адмиралу Брюэсу точное и настоятельное приказание немедленно сделать промер в старом порту Александрии и, если окажется возможным, ввести туда корабли. В противном же случае и если Абукирская бухта позволяет защищаться на якоре против нападения сильнейшего неприятеля, адмиралу разрешалась стоянка в этой последней. Если же, наконец, и она не отвечает требованиям безопасности, то ему предписывалось идти с большими судами на Корфу. Последний, точно так же как и другие Ионические острова, входил в район, на который распространялось командование Бонапарта, так как по декрету от 12 апреля он был назначен главнокомандующим Восточной армией. В значительно более позднем письме, до получения которого Брюэсу не суждено было дожить, Бонапарт пишет, что необходимо уберечь флот от серьезных повреждений до окончательного устройства дел в Египте, чтобы воспрепятствовать всякой помехе со стороны Порты.