«Беллерофон» и «Маджестик» уступали своим противникам, в особенности первый, которому пришлось иметь дело с кораблем двойной сравнительно с ним силы, тем более что он стал совсем на его траверзе, так что подвергался огню всех его бортовых орудий; поэтому «Беллерофон» скоро был почти совершенно разбит. В течение трех четвертей часа у него были сбиты грот и бизань-мачты, а еще через полчаса, не будучи в состоянии выносить долее убыль людей и поражение корпуса и рангоута, он обрубил канат и вышел из сферы огня. Сейчас же вслед за тем у него упала и фок-мачта; потеряв уже сорок девять человек убитыми и сто сорок восемь ранеными из экипажа в шестьсот пятьдесят человек, он беспомощно дрейфовал вдоль неприятельской линии, получая последовательно залпы французского арьергарда. В это время подошел «Свифтшур», и его капитан Галлоуэль, увидев судно без флага и огней, прежде чем открыть по нему огонь, окликнул его. Убедившись, что это был английский корабль «Беллерофон», он немедленно отдал якорь, став против правого крамбола «Ориан». Сейчас же после этого подошел «Александр» и отдал якорь против левой раковины трехдечного корабля. «Линдер», с приличной своим силам осторожностью, стал против левого крамбола «Франклена», стоявшего непосредственно впереди «Ориан», и, заняв таким образом сравнительно безнаказанное положение, громил продольными выстрелами оба французских корабля. Центр французской эскадры сделался теперь в свою очередь жертвою сосредоточения неприятельского огня, подобно тому, как в начале битвы такою же жертвой был авангард, и здесь-то именно и произошла ужаснейшая катастрофа.
Около десяти часов вечера заметили, что французский флагманский корабль загорелся, – от причины, которую никогда не удалось узнать в точности. Британские орудия, наведенные на объятую пламенем часть корабля, парализовали все усилия потушить пожар, и огонь быстро распространялся. Судьба пощадила столько же храброго, сколько и несчастного Брюэса от мучительного созерцания этого последнего бедствия: в половине девятого у него, уже дважды раненного, пушечным ядром оторвало левую ногу у бедра. Он не позволил снести себя вниз и спокойно и с достоинством скончался на палубе за несколько минут до начала пожара.
В десять часов «Ориан» взлетел на воздух. Пять кораблей из находившихся впереди него уже сдались, а перед полночью спустил флаг и 80-пушечный корабль «Франклен».
На шести французских кораблях флаг еще развевался, но они сдались далеко назад – потому ли, что канаты их были перебиты снарядами, или потому, что они нашли это необходимым, чтобы не пострадать от взрыва «Ориан». Три из арьергардных кораблей, считая с концевого, принимали лишь незначительное участие в сражении; из других же «Тоннант» потерял все свои мачты, а «Эрье» и «Меркюр» получили значительные повреждения.
Первоначальная атака тринадцати британских кораблей (считая в том числе и 50-пушечный «Линдер») сосредоточивалась только на первых восьми кораблях французской линии, до корабля «Тоннант» включительно. Когда эти корабли были один за другим разбиты, британцы спустились ниже и вступили в бой с арьергардом противника; но тогда силы их атаки, разумеется, уже ослабли от понесенных ими самими потерь, не говоря уже об утомлении экипажа от усиленной работы и возбуждения предшествовавших часов. Тем не менее, когда «Меркюр» спустил флаг, то оказалось, что он потерял сто пять человек убитыми и сто сорок восемь ранеными, и из всех его орудий только шесть остались пригодными к дальнейшей службе. О» потерях «Эрье» не говорится, но у него было до девяти футов воды в трюме.
На следующее утро эти суда были атакованы несколькими наименее пострадавшими британскими кораблями, и в результате «Тоннант», «Меркюр», «Эрье» и «Тимолеон», из которых последний был крайним в арьергарде, т. е. фланговым в первоначальном строю, выбросились на берег. Первые три из только что названных кораблей впоследствии спустили флаги, а четвертый был сожжен своими офицерами. Два других французских корабля, «Гийом Тепль» и «Женье», спаслись бегством. Первый нес флаг контр-адмирала Вильнева, командовавшего в этой битве арьергардом, а впоследствии главнокомандующего союзными флотами при достопамятном поражении их под Трафальгаром. В рассматриваемой теперь битве его бездействие резко осуждалось и в его время, и потом. В общем, позднейшие французские профессиональные писатели высказывают мнение, что его мужество, хотя и бесспорное, было скорее пассивным, чем активным, и что в Абукирской битве ему предоставлялась и диспозицией, и временем полная возможность ввести в бой и арьергардные суда, чем он совершенно по своей вине не сумел воспользоваться. Бонапарт же, напротив, писал Вильневу вскоре после сражения, что «если ему и можно поставить что-либо в вину, так это то, что он не снялся с якоря, как только «Ориан» взлетел на воздух, так как уже за три часа до этого линия Брюэса была прорвана, и корабли его терпели поражение, окруженные неприятелем».