Вторжение флота Брюи в Средиземное море и его поспешное отступление оттуда, а также «воровское» возвращение Бонапарта в Европу были открытым признанием господства британского флота на этом море. Это предсказывало вероятное падение двух великих завоеваний французов – Египта и Мальты. Их спасение слишком близко касалось удержания Наполеоном своего личного авторитета и поддержки им веры в себя, чтобы допустить сомнение в том, что он хотел этого спасения и добился бы его, если бы мог. Его переписка наполнена рассуждениями по этому предмету и свидетельствует, что им были сделаны большие усилия, вероятно, настолько большие, насколько это было возможно при отчаянной борьбе с внешними врагами и внутренней неурядицей, в которую погружена была Франция. Все, однако, было бесплодно. Подробное повествование о потере Францией Египта и Мальты представило бы большой интерес как для военного, так и для непрофессионального читателя; но сущность его резюмируется в одном факте, которым предначертано было уже их падение: Франция потеряла всякую способность оспаривать обладание морем. С февраля 1799 года, когда небольшой фрегат вошел в Ла-Валетту, до января 1800 года ни одно судно французов не достигало этого порта. В последнем месяце посыльный бот вошел в Ла-Валетту с известием о возведении Бонапарта в звание Первого консула. Это событие, хотя уже и двухмесячной давности, еще не было известно гарнизону. 6 февраля адмирал Перре, служба которого в Египетской экспедиции и в Сирии так ценилась Бонапартом, отплыл из Тулона на 74-пушечном корабле, одном из тех, которые спаслись из Абукирской бухты, с тремя меньшими судами и одним большим транспортом. На этой эскадре были припасы и четырехтысячный отряд солдат для выручки Мальты. 18-го числа она встретилась с несколькими британскими кораблями, под непосредственным начальством Нельсона. Обменявшись с ними несколькими выстрелами, один из которых убил Перре, «Женье» и транспорты сдались силе, слишком превосходившей их для того, чтобы они могли сопротивляться. Остальные суда возвратились в Тулон.
Все дальнейшие попытки снабдить остров припасами и войсками были неудачны. В течение двухлетней блокады, с сентября 1798 года по сентябрь 1800 года, только пяти судам удалось войти в порт. «Гийом Тепль», который оставался в Валетской гавани со времени Абукирской битвы, попытался выйти оттуда ночью 31 марта, с письмами к Бонапарту, извещавшими его, что остров не может держаться дольше июня месяца. Этот корабль был перехвачен британцами и сдался после блестящего боя, в котором были снесены все его мачты и более пятой части его экипажа были убиты и ранены. В числе судов, участвовавших в этом бою, был флагманский корабль Нельсона «Фудроян», но самого адмирала на нем не было. Мучимый разнообразными чувствами, анализировать которые здесь нет необходимости и было бы не совсем приятно для чтящих память адмирала, он просил после возвращения лорда Кейта об отзыве его из Средиземного моря и о даровании ему отдыха, на который, без сомнения, дала ему право его долгая и блистательная служба. Таким образом, ему не удалось довершить покорение Мальты, конечная судьба которой была решена его предшествующей победоносной карьерой. Остров продержался до 5 сентября 1800 года, Нельсон же еще 11 июля спустил свой флаг в Ливорно. В сопровождении Гамильтонов он последовал на родину через Триест и Вену, прибыв в Англию в ноябре месяце.