Между тем армия Массены, претерпевая страшный голод, продолжала «отсиживаться» в Генуе, чем значительно увеличивала затруднительность положения австрийцев, державших двадцатипятитысячный корпус под Ниццей и тридцатитысячный – под Генуей. Сверх того с начала кампании из рядов их убыло уже до двадцати тысяч человек. Me лас, не желая упустить добычу, ждал так долго, что не успел вовремя сосредоточить свои силы. Когда же наконец он отдал необходимые приказания, Массена вступил в переговоры об эвакуации Генуи. Начальник австрийского корпуса, чтобы не потерять такого приза, промедлил с исполнением полученного предписания до тех пор, пока дело не решилось окончательно. 5 июня Генуя сдалась, и осаждавшие ее войска, оставив в городе гарнизон, пошли на соединение с главнокомандующим, стягивавшим свои силы к Алессандрии. Бонапарт между тем с половиной своей армии переправился на южный берег По, и 14 июня произошла битва под Маренго. Из опасения, чтобы неприятель не ускользнул, Первый консул слишком разбросал свои силы, и дело приняло сначала столь благоприятный для австрийцев оборот, что Me лас, которому в то время было уже семьдесят шесть лет, вполне уверенный в победе, уехал в два часа пополудни с поля сражения, чтобы отдохнуть. Однако час спустя своевременное прибытие генерала Дезе наклонило чашу весов в другую сторону, и Бонапарт вышел из дела победителем, преграждая неприятелю путь отступления. На другой день Me лас подписал конвенцию, обязавшись в ней очистить всю Северную Италию вплоть до Минчио, за который австрийцы должны были отступить. Все укрепления были при этом переданы Франции, и в числе их только что занятая австрийцами Генуя. В ожидании ответа императора на условия мира, посланные ему Первым консулом, военные действия в Италии были приостановлены, причем обе армии обязались не посылать отрядов в Германию. 2 июля Бонапарт с триумфом вернулся в Париж после своего менее чем двухмесячного отсутствия.
Между тем Моро, узнав о благополучном переходе через Сен-Бернар, снова перешел в наступление. Двинувшись к востоку, он с частью своих сил переправился 19 июня ниже Ульма через Дунай и стал угрожать сообщениям Края с Богемией. В частной стычке, происшедшей в тот же день, французы отстояли занятую ими позицию и взяли в плен пять тысяч австрийцев. На следующую ночь Край эвакуировал Ульм и быстро отступил по северной дороге, избежав таким образом встречи с французами. Моро, не будучи в состоянии пересечь неприятелю путь, двинулся было вслед за ним, но вскоре отказался от преследования, не сулившего особенно благоприятных результатов. Он все еще оставался в неизвестности относительно битвы под Маренго, тогда так австрийцы имели уже о ней известия и, умалчивая о победе французов, сообщили ему о состоявшейся в Италии приостановке военных действий и предлагали сделать то же и в Германии. Догадываясь, что за этим предложением скрываются благоприятные для Франции события, Моро не пошел на соглашение, но, напротив, решился немедленно же обеспечить за своей победоносной армией наиболее благоприятные условия, при которых затем уже можно было бы вступить и в переговоры. Тесно обложив частью своих сил важные придунайские крепости Ульм и Ингольштадт, он с остальными силами переправился через реку и вступил в Баварию. 28 июня он занял Мюнхен, близ которого были затем подписаны 15 июля условия перемирия, весьма сходные с заключенными ровно месяц назад Бонапартом в Италии. Обе враждебные армии отступали за назначенные линии и обязывались не возобновлять военных действий без предуведомления об этом за двенадцать дней. Во все время этого перемирия осажденным австрийским крепостям предоставлялось получать каждые две недели провиант в количестве, соответствовавшем их потреблению, так что в случае возобновления операций они находились бы в том же положении, в каком застали их мирные условия. Две большие французские армии стояли таким образом лагерем на плодородных равнинах Италии и Германии – в мирных областях, лежавших за пределами Франции, которая благодаря этому была избавлена от большей части расходов, вызываемых их содержанием.