Условия, касавшиеся острова Мальты и соседних с ним Гоццо и Комино, были изложены пространно и тщательно. Каждая из сторон поставила себе целью во что бы то ни стало воспрепятствовать другой занять позицию, столь важную для господства на Средиземном море и тем самым на путях к Египту и Индии. Иоаннитский орден восстанавливался при условии, чтобы впредь никто из граждан Великобритании или Франции не допускался в число его членов. Договор объявлял при этом независимость ордена и острова. Британские силы должны были очистить последний в течение трех месяцев после ратификации договора; это обусловливалось присутствием на месте великого магистра для принятия управления орденом, а также гарнизона из двух тысяч неаполитанских солдат, которых должен был послать неаполитанский король по предложению договаривавшихся держав. Гарнизон этот должен был оставаться на острове в течение года после восстановления власти великого магистра – или и дольше, если бы ордену не удалось к тому времени организовать отряд достаточной силы из местного населения. Неаполитанское королевство было, таким образом, избрано как бы стражем позиции, которой домогались упомянутые державы, потому что его слабость не могла возбудить их ревность. Независимость островов должна была гарантироваться Великобританией, Францией, Австрией, Испанией, Россией и Пруссией, так как и последние четыре державы были приглашены одобрить длинный ряд условий. Присутствие на острове великого магистра и гарантия четырех держав, согласие которых не было предварительно получено, были как бы составляющими частями договора. Невыполнением этих частей Великобритания оправдывала впоследствии проволочки, которые оставляли Мальту все еще залогом в ее руках, когда она требовала от Франции объяснений и вознаграждения за последующие действия, вредные, как она утверждала, для ее безопасности и оскорбительные для ее достоинства.
Другой статьей договора Великобритания обязывалась очистить Портоферрайо, главный порт на Эльбе, который до того времени удерживала за собой силой оружия. Впоследствии выяснилось, что это было равносильным передаче острова Франции, которая добилась его уступки от Неаполитанского королевства и Тосканы, владевших Прежде им соединено, по конвенциям, сделавшимся известными впервые вскоре после подписания перемирия. Эльба по своему положению могла содействовать серьезному затруднению торговли Великобритании с Северной Италией, при стеснениях, связывавших британскую торговлю везде, где простиралось влияние Бонапарта. Самой важной стороной этого дела было впечатление, произведенное долгим хранением в тайне конвенций. Эти внезапные перемены придали вид иллюзии всем заключенным условиям и подорвали чувство доверия, важное для прочных отношений между государствами.