Вместе с упадком воинского духа команды и офицеров и материальные условия, как их, так и кораблей дошли до жалкого состояния. Некомпетентность начальников и исполнителей и беспорядок царствовали везде. Ощущался недостаток в продовольствии, одежде, дереве, такелаже, парусах. В эскадре де Галля, хотя она только что вышла в море, большая часть кораблей нуждалась в ремонте. Среди команды было очень много больных, и при этом она терпела нужду в одежде. Несмотря на свирепствовавшую на эскадре цингу, люди, почти в виду своих берегов, должны были довольствоваться солониной. Немного позже, а именно в 1795 году, с Тулонской эскадры, говорят летописи той эпохи, дезертировали почти все матросы. «Питаясь впроголодь, едва одетые, обескураженные постоянными неудачами, они только и думали о том, как бы бежать с морской службы. В сентябре для комплектации Тулонского флота недоставало десяти тысяч человек». Матросов искали по всей Франции, а они уклонялись от морской записи подобно тому, как британский матрос того времени прятался от насильственной вербовки.
После сражения, называемого англичанами Лорианским, а французами – сражением при Иль-де-Груа, в 1795 году, французский флот укрылся в Лориане, где и оставался два месяца. Так велик был недостаток в продовольствии, что команду временно распустили. Когда же суда были опять готовы к выходу в море, то «нелегко было заставить матросов возвратиться назад, понадобилось издание декрета о созыве их вновь на службу. Но даже и тогда вернулись лишь очень немногие, так что было решено отправлять корабли из порта поодиночке или, в крайнем случае, небольшими отрядами. По приходе их в Брест, команда посылалась сухим путем назад в Лориан для снаряжения других судов. Таким образом, флот отплыл оттуда тремя дивизиями, вышедшими в разное время». Часть неудач в Ирландской экспедиции 1796 года надо приписать тому обстоятельству, что люди часто коченели от холода, потому что не имели надлежащей одежды. Выдачу жалованья постоянно задерживали. Дезертировавших и выслуживших срок матросов, каков бы ни был их патриотизм, нельзя было заманить назад на службу при таких беспорядочных и тягостных условиях. Обещания, угрозы, указы оказывались недейственными. Такое положение дел продолжалось целые годы. Гражданский комиссионер флота в Тулоне писал в 1798 году по поводу приготовлений к экспедиции Бонапарта в Египет: «Затруднения по организации продовольственной части, как ни велики они, составляют лишь второстепенный предмет моих забот, которые всецело почти обращены на привлечение матросов на службу. Я дал комиссарам по исполнению морской записи самые строгие инструкции. Я пригласил муниципалитеты, депутатов Директории, начальников частей сухопутных войск помогать им; и для достижения успеха я обеспечил еще снабжение каждого матроса прогонными деньгами и жалованьем за месяц вперед. Но так как закоренелое неповиновение матросов в большей части западных портов и их явное отвращение к службе сводили почти к нулю усилия морских комиссионеров, то я послал из этого порта (Тулон) офицера, твердого и энергичного», на помощь им. «Наконец, после того как были приняты все возможные меры, часть матросов из западных округов возвратилась сюда. Однако и теперь еще осталось много дезертиров, которые неослабно преследуются».