Сэр Джильберт Эллиот, который был гражданским комиссаром Великобритании в Тулоне в течение последнего месяца оккупации его, оставил Гиерскую бухту в начале января для совещания с Паоли, проектировавшим присоединение острова к британской короне. Энтузиазм, с каким приняло его население, и уверения вождя корсиканцев убедили его, что последние искренно желали осуществления упомянутого присоединения. Вследствие его представлений Худ 24 января отплыл со всем флотом от Гиерских островов с намерением идти в бухту Сен-Фиоренцо. Но так как погода стояла очень бурная, а трехдечные корабли, которых в эскадре было несколько, были плохо приспособлены для борьбы с ней, то адмирал вынужден был укрыться с ними в Портоферрайо, на Эльбе, и послать в Сен-Фиоренцо только отряд судов. Они прибыли туда 7 февраля, и их экипажи принимали весьма деятельное участие в действиях на суше. Французы очистили город и укрепления 19-го числа того же месяца, отступив на Бастию. Адмирал начал настаивать тогда на атаке этого порта, но генерал высказал мнение, что он не располагает для этого достаточным числом солдат. Нельсон, блокировавший этот порт в течение некоторого времени, энергично защищал возможность операции. После острых пререканий между двумя военачальниками, Худ решился предпринять осаду порта с моря при содействии десанта из служивших на кораблях морских солдат. Высадка началась 3 апреля, но город держался до 21 мая, когда капитулировал. Затем был взят и Кальви, операция против которого началась 19 июня и закончилась принуждением его к сдаче 10 августа. Весь остров, таким образом, был очищен от французских войск, чем он был обязан почти всецело английскому флоту, хотя и в операциях под Сен-Фиоренцо и Кальви принимала участие и армия. Осада Бастии была следствием решимости Худа и горячей поддержки его Нельсоном. Так как тогда 3500 человек регулярного войска сдались отряду из 1400 матросов и морских солдат, то мнение сэра Джильберта Эллиота о том, что «блокада порта была главным средством к покорению его», едва ли может оспариваться. При осаде Кальви Нельсон потерял свой правый глаз.
В промежуток времени между осадами Бастии и Кальви на Корсике было созвано Генеральное собрание, и 19 июня 1794 года островная корона была предложена королю Великобритании. При успешном исходе военных операций этот политический акт довершил овладение островом. Но, говоря словами Эллиота, право на обладание Корсикой опиралось на господствующую над противником силу, и только ей одной и могло быть обеспечено, а об этой-то силе британское правительство и не сумело позаботиться. Любовь народа к Паоли и тревоги, пережитые им вместе со своим вождем, были причиной того, что корсиканцы горячо желали присоединения к Англии и приняли упомянутый акт с выражениями пылкого восторга. Но когда же сознание безопасности сменило чувство опасения за судьбу острова, то за проявлениями скороспелой любви друг к другу двух наций, столь радикально разнящихся по темпераменту и учреждениям, последовали симптомы, присущие непрочным связям. Тем не менее при энергии и достаточно сильных гарнизонах благо британской оккупации могло бы сделаться для населения очевидным. Недовольство ею могло бы уступить место соображениям о собственных выгодах, и Великобритания удержала бы остров за собой. Британское правительство действовало, однако, медленно. Эллиот настаивал на том, чтобы ему были даны полномочия на исполнительные функции сейчас же после того, как состоялся «Акт о соединении». Вместо того Паоли был оставлен на своем прежнем посту еще четыре месяца, в течение которых разгоралась та естественная ревность его к иностранцу, предназначенному ему в преемники, примеры которой не раз встречались в истории. Это чувство, питавшееся им с корсиканской страстностью, сообщилось и его последователям. Злополучный раскол уже завоевал место среди населения, когда после четырехмесячного ожидания Эллиот получил полномочия как вице-король острова. Паоли оставался затем на Корсике еще целый год и до своего отъезда оттуда причинял большие затруднения вице-королю и был опорой партизан Франции, число которых сделалось значительным.