Исследовав обнаруженный прибор, эксперты ФБР заявили, что он отличается технической изощренностью и что они сталкиваются с такой конструкцией впервые. Правильно предположив, что установить подслушивающее устройство в здании госдепартамента невозможно без помощи работающих там сотрудников, ФБР проверило всех, кто когда-либо посещал седьмой этаж, где расположен конференц-зал, но безрезультатно. А Ханссен, сообщая в Москву об обнаружении прослушивающего устройства, сокрушался по поводу упущенных возможностей.
Впрочем, душевное спокойствие Ханссен обрел лишь на короткое время. Дело в том, что после суда над Эймсом в США вновь ввели смертную казнь за шпионаж. А в 1996 году были арестованы два российских «крота» в американских спецслужбах: 16 ноября — сотрудник ЦРУ Гарольд Николсон, а 18 декабря — агент ФБР Эрл Питтс. Поэтому с 1997 года Ханссен начинает регулярно проверять базу данных ФБР, чтобы выяснить, находится ли он сам под подозрением. Так, только за 1999 год он 12 раз производил поиск в базе данных на имена, а также на названия мест, которые он использовал для закладки тайников. Однако ничего подозрительного он так и не обнаружил. Кроме того, летом 2000 года он получил из Москвы сообщение, в котором говорилось, что в СВР о нем знает очень ограниченный круг лиц.
Тем временем в ФБР и ЦРУ продолжали искать «крота», поскольку поняли, что один Эймс не мог бы нанести такого ущерба. Так, в 1999 году эксперт ФБР Томас Кимел в специальном рапорте сообщил руководству Бюро о том, что, по его мнению, Москва завербовала одного из высокопоставленных сотрудников ФБР. Однако, когда о рапорте Кимела доложили директору Бюро Луису Фри, тот позволил убедить себя в том, что аргументация Кимела недостаточно убедительна и что поиск «крота» должен вестись в ЦРУ, а не в ФБР.
Впрочем, в этот раз Ханссен не попал под подозрение. Дело в том, что в отличие от Эймса он вел умеренный образ жизни, соответствующий его годовому заработку в 87-114 тысяч долларов, никогда не выезжал за границу, кроме как в служебные командировки, жил в скромном по американским стандартам доме стоимостью 270 тысяч долларов в вашингтонском пригороде Вьенна, имел репутацию антикоммуниста и каждое воскресенье вместе с семьей посещал церковь, где причащался вместе с директором ФБР Луисом Фри.
Зато под «колпак» контрразведки попал один из высокопоставленных сотрудников ЦРУ, которого разрабатывали по подозрению в шпионаже в пользу России в течение полутора лет. Причиной столь пристального внимания к нему послужил факт его работы вместе с Эймсом на советском направлении. В августе 1999 года он был отстранен от работы и отправлен в оплачиваемый отпуск. В его доме был произведен обыск, а личный автомобиль подвергся тщательному досмотру. Но все подозрения против него были сняты только после ареста Ханссена.
Но Ханссену так и не удалось выйти в отставку, которая должна была состояться в апреле 2001 года. Как стало известно в последующем, ФБР выплатило 7 миллионов долларов некоему «бывшему сотруднику КГБ», который передал американцам содержание его личного дела. Согласно версии, содержащейся в опубликованной в октябре 2018 года аудиокниге американского журналиста и исследователя спецслужб Дэвида Уайза «The Seven Million Dollar Spy» этим сотрудником мог быть полковник СВР Щербаков, бежавший в США в 2010 году.
Как бы там ни было, но уже в конце октября 2000 года за Ханссеном было установлено скрытое круглосуточное наблюдение. Кроме того, чтобы контролировать Ханссена более тщательно, его 12 января 2001 года перевели в штаб-квартиру ФБР в отдел информационных ресурсов на специально созданную для него должность. Тем временем сам Ханссен, готовясь к предстоящей отставке, обратился с просьбой помочь начать новую карьеру в качестве специалиста в области компьютерной безопасности к Виктору Шеймову — перебежчику из 8-го Главного управления КГБ, которое занималось обеспечением безопасности и функционированием всей шифросвязи СССР, а также созданием шифров и дешифровкой сообщений иностранных государств. После своего побега в 1980 году он был оформлен консультантом в АНБ, а в конце 80-х годов оставил работу в АНБ и основал в Вашингтоне собственную фирму «Invicta Networks», занимающуюся вопросами обеспечения компьютерной безопасности. При этом большую помощь в создании фирмы Шеймову оказал Ханссен, который как представитель ФБР контактировал с ним во время его работы в АНБ и даже стал его другом. Более того, не без участия Ханссена в состав правления «Invicta Networks» вошел бывший директор ЦРУ Джеймс Вулси. Впрочем, Ханссен не забыл сообщить о деятельности Шеймова в Москву. В аффедевите ФБР по этому поводу говорится: