В соответствии со ст.138 НК РФ акты налоговых органов могут быть обжалованы в вышестоящий налоговый орган (вышестоящему должностному лицу) или в суд. В любом из случаев подать жалобу и/или исковое заявление необходимо в течение трех месяцев с момента получения налогового решения. В случае, если решение по результатам налоговой проверки было вынесено заместителем руководителя налогового органа, то в соответствии с названной статьей у налогоплательщика появляется дополнительный шанс для защиты своих интересов в виде предъявления жалобы сначала на имя руководителя этого налогового органа, а затем уже в вышестоящий налоговый орган (например, обжаловать решение, вынесенное заместителем руководителя районной налоговой инспекции можно сначала на имя руководителя этой инспекции, а затем в областную налоговую инспекцию).
Одновременно с направлением жалобы в вышестоящий налоговый орган (вышестоящему должностному лицу) может быть подано исковое заявление в Арбитражный суд в порядке ст.198 АПК РФ. У такого «одновременного» варианта защиты интересов есть свои плюсы и минусы. К несомненным плюсам следует отнести, прежде всего, экономию времени. В соответствии со ст.139 НК РФ время, отведенное на рассмотрение жалобы, составляет один месяц, а так же следует учитывать время, необходимое для принятия искового заявления к производству и то, что заседание будет назначено не всегда на ближайшие дни. Такая «поспешность» необходима, прежде всего, потому, что после вынесения решения налогоплательщик должен быть готов к принудительному списанию денежных средств с расчетного счета или обращению взыскания на его имущество. При этом подача жалобы в вышестоящий налоговый орган действие решения не приостанавливает. Но при этом следует учесть, что госпошлина, уплачиваемая при подаче искового заявления в Арбитражный суд, в соответствии с главой 25.3 НК РФ составляет 2000 рублей. И в случае удовлетворения вышестоящим налоговым органом жалобы налогоплательщика у него фактически отпадают основания обращения в суд, а возврат госпошлины в этом случае будет крайне затруднителен. И все же, представляется, что более эффективным является именно одновременная подача жалобы в вышестоящий налоговый орган и искового заявления в суд. Поскольку имеется еще один нюанс, который при его умелом использовании может сыграть в пользу налогоплательщика. При подаче искового заявления в Арбитражный суд рекомендуется приложить ходатайство о приостановлении действия оспариваемого налогового решения (в порядке ч. 3 ст.199 АПК РФ). Такое ходатайство в соответствии с ст. 93 АПК РФ рассматривается не позднее следующего дня после его поступления в суд, что позволяет налогоплательщику в случае его удовлетворения отложить «расчеты» с налоговым органом до окончания судебного разбирательства (которое, не исключено, может закончиться и в пользу налогоплательщика). Но следует учесть, что в соответствии с Информационным письмом ВАС РФ №83 от 13.08.2004г. «О некоторых вопросах, связанных с применением части 3 статьи 199 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации» налогоплательщик должен доказать, что в случае непринятия обеспечительной меры (в данном случае – отказа в приостановлении решения) могут возникнуть последствия, которые затруднят или сделают невозможным исполнение судебного акта. Так, например, можно указать, что в случае удовлетворения судом интересов налогоплательщика возврат денежных средств, принудительно удержанных путем их списания с расчетного счета налогоплательщика на основании решения налогового органа, может оказаться затруднительным.