Переверткин глубоко вникает в работу министерства и порученную ему сферу деятельности. Он видит многообразие возложенных на войска и охрану задач, ищет пути улучшения организационной структуры управленческих аппаратов и повышения эффективности деятельности подчиненных им частей и подразделений. 10 февраля 1956 г. он доложил правительственной комиссии о состоянии внутренних войск. Семен Никифорович, придя в МВД, застал здесь непривычные для армейского генерала названия воинских подразделений, частей и соединений. Ему представлялось, что надо унифицировать эту систему, и он оказал свое влияние на решение данного вопроса в последующие годы, будучи первым заместителем министра внутренних дел СССР. При нем происходили существенные изменения в строительстве войск и охраны.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 22 февраля 1955 г. создано Министерство внутренних дел РСФСР. 09.06.1956 г. были объединены пограничные и внутренние войска, создан единый орган руководства ими — ГУПВВ. В соответствии с постановлением ЦК КПСС и СМ СССР «О мерах по улучшению работы Министерства внутренних дел СССР» от 25.10.1956 г. формируются части конвойной охраны исполнительно-трудовых учреждений, подчиненные управлениям и отделам ИТУ МВД союзных республик, УВД соответствующих крайисполкомов.
В марте 1957 г. состоялась передача погранвойск в КГБ при СМ СССР. Создается Главное управление внутренних и конвойных войск.
С. Н. Переверткину довелось работать при министрах С. Н. Круглове и Н. П. Дудорове. Строительство войск развивалось непланомерно, часто зависело от волюнтаристических решений, принимаемых на высшем уровне. Забрезжила возможность растащить войска по другим ведомствам или по республиканским квартирам. Деятельность МВД подвергалась критике. В Министерстве обороны СССР зрело намерение изъять войска из системы МВД, принять их под свою эгиду либо значительно сократить.
Боевому, заслуженному генералу перевод в МВД создал проблемы и неудобства. Первоначально это было связано с тем, что в министерстве уже пять лет работал замминистра Герой Советского Союза генерал армии И. И. Масленников, в чьем ведении по функциональным обязанностям находились погранвойска, внутренняя и конвойная охрана. 30.07.1953 г. произошло перераспределение обязанностей — и наблюдение за работой ГУПВ, ГУВО и УКО от Масленникова переходит к Переверткину. Вскоре жизнь Масленникова трагически обрывается. Почти три года генерал Переверткин занимается войсками и охраной в ранге замминистра, затем (с 15 марта 1956 г.) трудится первым заместителем министра до упразднения МВД СССР в 1960 г. Некоторое время он работает в составе ликвидационной комиссии МВД, после чего переходит в Министерство обороны СССР на должность начальника Управления военных учебных заведений Сухопутных войск.
17 мая 1961 г. во время инспекционной поездки трагически погиб в авиакатастрофе.
Награжден орденами Ленина (дважды), Красного Знамени (трижды), Суворова II ст., Кутузова II ст., Богдана Хмельницкого II ст., Красной Звезды.
Похоронен на Новодевичьем кладбище.
В г. Воронеже его именем названа улица, установлена мемориальная доска.
Решающий удар
Все дрались за право и честь быть впереди и в числе первых ворваться в Берлин. И вот части корпуса пересекли черту Большого Берлина.
Трудно передать словами состояние наших солдат, сержантов и офицеров в этот день. В моей памяти встали все четыре года тяжелой войны. Витебск, где 10 июля 1941 года я впервые вступил в бой, тяжелые оборонительные бои, Смоленск, Вязьма, Гжатск, знаменитое Бородинское поле у Можайска, Дорохово, Тучково, Звенигород, разгром немцев под Москвой и, наконец, весь путь наступления через Смоленск, Идрицу, Себеж, Латвию, Литву, Польшу и Померанию. Вспомнились все тяготы и лишения, трудности и жертвы, принесенные во имя победы.
Она была перед нами. Чувство морального удовлетворения вливало новые силы, разжигало пламя боевого содружества и благородного соперничества в деле чести.
Ведя уличные бои на северной окраине города, корпус успешно продвигался вперед. Пали районы Каров, Бланкенбург, Розенталь и Тегель. Справа соединение Героя Советского Союза генерала Анашкина ушло вперед на Шпандау. Слева, уступом сзади, соединение генерала Казанкина вело тяжелые бои… И вот долгожданный звонок: