В следующем году, попав в немилость к Павлу I, был удален из столицы и назначен комендантом Каменец-Подольской крепости. С восшествием на престол Александра I был отозван в столицу и 17.07.1801 г. назначен генерал-адъютантом императора. Некоторое время исполнял обязанности помощника петербургского военного губернатора генерал-фельдмаршала М. Ф. Каменского и начальника полиции. Обратив внимание на нерациональное использование и плохую организацию местных гарнизонных рот и драгунских команд, составил проект создания земского войска и использования его для полицейской службы. Как писал в своих воспоминаниях Комаровский, проект государю
Почтовый конверт, выпущенный в честь Дня внутренних войск МВД России
Десять лет Комаровский был рядом с императором. Неоднократно выполнял его ответственные поручения. Несомненно, это имело место и во время двухгодичного пребывания Комаровского за границей. Столь длительное нахождение в фаворе при дворе создавало мнение в близких ко двору кругах о ловкости и изворотливости Комаровского, сумевшего добиться столь долгого расположения к себе императора. По характеристике известного литературоведа Б. М. Энгельгардта Комаровский был
Если бы он был столь ловким царедворцем, то вряд ли почти 17 лет пробыл в генерал-майорах, столь долго дожидаясь производства в следующий чин.
07.07.1811 г. назначен инспектором внутренней стражи, занялся организацией и устройством нового войска. «Барклай-де-Толли хотел, — вспоминал впоследствии Е. Ф. Комаровский, — чтобы я носил звание дежурного при нем генерала по внутренней страже, но государь на сие не согласился, сказав: „Граф Комаровский — мой генерал-адъютант, и я хочу, чтобы он был между мной и вами“». Тем самым Александр I подчеркнул значимость вновь учрежденного войска.
Во время Отечественной войны 1812 года содействовал формированию государственного ополчения и резервных полков, для этой цели были выделены окружные генералы, офицеры и нижние чины внутренней стражи. Вместе с подчиненными организовал поставку лошадей в действующую армию. Под его руководством внутренняя стража обеспечивала
Забот о своем войске у Комаровского хватало.
Дом на Невском 42, где жил Е. Ф. Комаровский в 1814–1820 гг.
Комаровский проявил себя требовательным, решительным и в то же время заботливым командиром. Внутренней страже приходилось часто выделять команды для водворения порядка во время крестьянских волнений, вызванных, как правило, помещичьим произволом. Комаровский требовал в своих приказах, чтобы выделенные команды
Множество приказов было издано о разного рода злоупотреблениях в Отдельном корпусе внутренней стражи со стороны должностных лиц и наказании виновных. И здесь Комаровский показал себя непоколебимым и последовательным в своих действиях начальником. Он не терпит морально опустившихся офицеров, особенно тех, кто издевается над солдатами, использует их в своих личных целях, злоупотребляет своей властью, преступает закон. Он по-отечески относится и к нижним чинам, требует от окружных генералов и офицеров не обижать их, внимательно относиться к их нуждам, обязательно замечать и отмечать их служебное рвение, отвагу и благородство.