С января 1808 г. — дежурный генерал при военном министре графе А. А. Аракчееве. 19 апреля 1810 г. назначен начальником 7-й пехотной дивизии. Он участвовал в Отечественной войне 1812 года и последующих кампаниях, где показал себя умелым и мужественным военачальником. За отличия в обороне Смоленска награжден орденом Св. Владимира 2-й ст. большого креста. Участвовал в Бородинском сражении где, «начальствуя 6-м корпусом, поражал и останавливал покушения правого неприятельского фланга и, невзирая на жестокий перекрестный огонь… продолжал командовать с большим духом и непоколебимою храбростию, не уступил места своего ни на один шаг»
, за что удостоен был военного ордена Св. Георгия 3-го кл. При отходе от Москвы 29–31 августа и 1–2 сентября 1812 г. командовал по поручению генерала М. А. Милорадовича арьергардной артиллерией, сдерживая натиск неприятеля близ Тарутина (6 октября) и под Малоярославцем (12 октября), а затем обратил его в бегство, участвовал в нанесении поражения войскам Нея у с. Красного (8 ноября), за что отмечен золотой шпагой, алмазами украшенной, с надписью: «За храбрость». В 1813 г. на территории Пруссии, командуя отдельным отрядом, блокирует крепость Кюстрин (2 апреля — 20 июля), после чего во главе 10-го пехотного корпуса наносит поражение неприятельским силам в районе г. Гольдберга, окружив и взяв в плен большую часть отряда. За боевые отличия награжден орденом Св. Александра Невского и прусским орденом Красного Орла 1-й ст. Во время известной Битвы народов под Лейпцигом, несмотря на контузию (под ним были убиты две лошади, рикошетом получил удар ядром в бедро), остался в строю и одним из первых ворвался в город, за что пожалован орденом Св. Георгия 2-го кл. и шведским орденом Военного Меча 2-й ст. В 1814 г. со своим корпусом после переправы через Рейн ведет боевые действия во Франции, блокирует крепость Мец, штурмует Суассон и Париж. Правда, его корпус, войдя в подчинение прусского генерал-фельдмаршала Г. Блюхера, оказался в критическом положении, но не по вине командира корпуса. После войны снова командует дивизией, штаб которой стоял в Киеве. В 1819 г. назначается командиром Отдельного Сибирского корпуса, а с 1822 г. — тобольским и томским генерал-губернатором. Новое поле деятельности, где он столкнулся с чиновничьим лихоимством, произволом, принесло ему немало неприятностей. Посыпались доносы, жалобы людей, обиженных его действиями. Лично честный и бескомпромиссный, не терпевший возражений, генерал-губернатор нажил себе немало врагов. Иногда и он перегибал палку. Для расследования доносов и проверки состояния дел была назначена сенаторская ревизия — выводы ее не бросили тень на Капцевича.Если его боевая деятельность принесла ему почет и уважение (портрет отважного генерала дважды Георгиевского кавалера украсил известную Военную галерею героев Отечественной войны и последующих кампаний в Зимнем дворце), то служба на гражданском поприще поколебала былой авторитет, вызвала в обществе негативные оценки. Одна из них принадлежала А. И. Герцену, назвавшему Капцевича тираном «из школы Аракчеева».
Весьма нелестно отозвался о Капцевиче литератор и издатель Н. И. Греч, назвавший его лицемером и ханжой, приведя в подтверждение такой характеристики факты грубости и шантажа со стороны Капцевича по отношению к подчиненным полковнику и генерал-майору. Все это касалось периода, когда Капцевич командовал Отдельным Сибирским корпусом. Случай был действительно возмутительный. Речь идет о генерал-майоре К. Ф. Клодте, опытном и заслуженном военачальнике, участнике Отечественной войны 1812 года и последующих военных кампаний, прибывшем в распоряжение Капцевича на должность начальника штаба корпуса. Вот что пишет Н. И. Греч: «…Однажды Капцевич в присутствии его, при докладе, разругал, оборвал самым наглым образом дежурного штаб-офицера полковника Золотарева. Когда Клодт на другой день явился к нему по службе, Капцевич предложил ему подписать бумагу о том, будто полковник вывел его из терпения грубостями и неповиновением.— Помилуйте, ваше превосходительство, — сказал Клодт, — полковник не сказал ни слова и вынес высочайшее оскорбление.
— Хорошо, — отвечал Капцевич, — вы заодно с бунтовщиком! Но извольте помнить, что у вас жена и восьмеро детей. Я обо всем донесу начальству.
Клодт взял перо, подписал требуемое, но, воротившись домой, слег в нервную горячку и через девять дней умер…».