Тем временем в карьере Сухомлинова произошли важные перемены. Поражение России в Русско-японской войне сделало несомненной необходимость всесторонней военной реформы. Первым шагом в этом направлении было создание летом 1905 года нового органа, Совета государственной обороны. Совет под руководством дяди Николая II, великого князя Николая Николаевича, должен был объединить принятие всех решений в области национальной безопасности в отношении как армии, так и Военноморского флота. Параллельно было проведено отделение Генерального штаба от Военного министерства и превращение его (по немецкому образцу) в независимый орган. В результате значительно снизился вес Военного министерства, которое превратилось в исполнительный посреднический орган, ответственный за экипировку, снабжение и обучение армии и отстраненный от планирования военных действий. Скоро, впрочем, стало ясно, что полностью отделять стратегию от логистики неверно. Признав, что эксперимент по реформированию армии провалился, Николаи II в июне 1908 года распустил Совет государственной обороны и снова подчинил Генеральный штаб Военному министерству. В ноябре 1908 года Сухомлинов узнал о своем назначении начальником штаба на место Ф.Ф. Палицына. Император и военный министр А.Ф. Редигер сошлись в том, что Владимир Александрович — подходящий человек для такой непростой должности. Согласившись на предложенное ему служебное повышение, Сухомлинов готовился переехать в столицу. Эго влекло за собой потерю в доходах — несмотря на то, что глава Генерального штаба отвечал за вопросы исключительной важности — в том числе за сбор разведывательных сведений и разработку военных планов, — его ежегодное жалованье составляло всего 16 тыс. рублей, меньше трети той суммы, которую Сухомлинов получал в Киеве как генерал-губернатор и глава военного округа. Однако Владимир Александрович не мог не исполнить желание своего императора. В начале декабря 1908 года он поездом выехал в Петербург. Там к нему вскоре присоединилась Екатерина Викторовна, поселившаяся в столице в отдельной квартире, примыкавшей к официальной резиденции главы штаба.
Однако он недолго пробыл на этом посту. Всего через несколько месяцев его ожидало еще более блестящее повышение. В марте 1909 года октябристы начали кампанию критики военных реформ правительства, недостаточно решительных и поверхностных. Ораторы-октябристы, прежде всего А.И. Гучков, с особенной яростью критиковали неправильное вмешательство царской фамилии в дела армии. В ответ военный министр Редигер выступил с речью столь беспомощной и неубедительной, что рассерженный Николай одним приказом уволил его и назначил на его место Сухомлинова. Владимир Александрович без промедления перебрался в апартаменты военного министра — дворец из сорока комнат на Мойке.
В июне 1909 года дело о разводе Бутовича решалось в духовной консистории Санкт-Петербургской епархии. Консистория проявила гибкость в отношении новоназначенного военного министра. Екатерина Викторовна предъявила добытые Альтшиллером в Ницце свидетельства, консистория сочла доказательства убедительны — ми и обратилась в Синод с просьбой утвердить решение о разводе. Бутович, однако, имевший сведения о развитии событий из своих источников в церковной иерархии, оспорил решение консистории, напрямую обратившись в Синод. Бутович особенно подчеркивал, что все представленные Екатериной Викторовной «доказательства» исходят от весьма сомнительных иностранных подданных и, более того, представляют собой всего лишь сплетни и слухи, тогда как по закону необходимы показания двух очных свидетелей59
.Несмотря на вмешательство Николая П, который ясно дал понять, что желает решения дела в пользу Сухомлинова, Синод отказался поддержать рекомендацию консистории. С точки зрения Синода факт прелюбодеяния не был законным образом подтвержден. И даже когда в сентябре император фактически приказал Синоду, несмотря ни на что, дать разрешение на развод и пригрозил, что в противном случае прибегнет к своей «верховной власти», Синод остался непоколебим60
. Он лишь поручил Петербургской консистории провести дополнительную проверку представленных госпожой Бутович доказательств — что, естественно, могло привести лишь к дальнейшему затягиванию дела. Да и что могла выявить эта «дополнительная проверка»? Бутович отправил своих агентов на французскую Ривьеру, где они, уговорами или подкупом, заставили всех свидетелей Альтшиллера, кроме одного, отозвать свои заявления. Исключение составил Гибандо, старший официант отеля, который к этому моменту в припадке алкогольной депрессии покончил жизнь самоубийством. Несмотря на то что показания Гибандо были наиболее серьезными из представленных Екатериной Викторовной в консисторию, обстоятельства его смерти подрывали доверие к свидетелю.