Итогом этих переговоров стала отставка Кутепова с поста комфронта и назначение командармом 2 армии, чьи силы вышли к дельте Вислы. Вместе с этим, Ставка упразднила Северный фронт, выделив для штурма Кенигсберга особую оперативную группу под командованием генерал-лейтенанта Евгения Миллера. Ему для взятия столицы Пруссии были отданы 1 и 12 армии, с передачей из резерва Ставки осадной артдивизион тяжелых орудий.
Действуя столь энергичными мерами, Духонин наглядно демонстрировал генералам, что не потерпит никакого тихого саботажа или простого несогласия с генеральными идеями Ставки. Обиженный этим решением Кутепов сдал свой пост Миллеру 23 октября и отправился к своему новому месту службы.
Обрадованный поддержкой со стороны Ставки, Миллер рьяно приступил к решению вопроса. Не дожидаясь прибытия осадных орудий; генерал начал формировать в частях, специальные штурмовые группы, на плечи которых должна была лечь вся тяжесть первого удара по кенигсбергским укреплениям. Весь личный состав этих групп предполагалось оснастить автоматами Федорова, гранатами, ручными пулеметами, а так же ранцевыми огнеметами. Согласно замыслу генерала, они должны были взломать немецкую оборону и ворваться в город, впереди наступающих частей.
Воплощая в жизнь прежний опыт взятия вражеских позиций, Миллер приказал проводить ежедневную авиаразведку укреплений Кенигсберга, и все полученные данные тщательно наносились на специальный планшет в штабе командующего. Столицу Пруссии окружало три линии обороны. Внутренняя линия обороны состоящая из самих крепостных стен и башен, средняя линия фортов и линия внешнего полевого обвода. Последняя линия обороны, представляла собой систему траншей и окопов, которую немецкие саперы успели возвести перед самым приходом русских и спешно достраивавшие её каждый день.
Стремясь не допустить усиления вражеской обороны, русские проводили ежедневный обстрел позиций противника из полевых орудий, тем самым всячески мешая фортификационным работам немцев. Одновременно охотники часто беспокоили неприятеля своими ночными вылазками на его передние траншеи.
К назначенному Миллером сроку 7 ноября, все штурмовые приготовления завершились, но из-за разности ширины железнодорожного полотна и малого количества трофейных паровозов, русские никак не успевали подвезти к городу осадные орудия больших калибров. Осенняя распутица полностью исключила подвоз их по земле, внося свои коррективы в наступательные планы генерала Миллера.
Впрочем, Евгений Карлович не исключал подобное развитие событий и держал про запас, один гадкий, но довольно сильный козырь. Переговорив 6 ноября по телеграфу с Духониным и получив добро, Миллер связался с начальником тыла фронта полковником Рябушинским и уже к вечеру 8 ноября, под Кенигсберг было доставлено трофейное оружие, захваченное русскими войсками во время летнего наступления.
Это были баллоны с хлором, огромное количество которых немцы хранили в Бресте для возможного применения их против русских войск. Все они были обнаружены на одном из армейских сладов, которые противник не успел вывезти, из-за поспешного бегства. Миллер знал об их существовании и теперь хотел применить это грязное оружие против самих создателей.
Сутки ушли на подготовку штурма и в ночь с 9 на 10 кенигсбергские укрепления были атакованы.
В подготовку штурма входил многочасовой обстрел позиций врага входящих в юго-восточный сектор обороны города. Полевые гаубицы сносили все, что было выявлено разведкой и все то, что казалось подозрительным воздушным наблюдателям. Желая уменьшить потери от губительного огня осадных батарей, немцы отводили солдат на запасные позиции, оставляя на переднем крае только одних часовых наблюдателей и возвращая их сразу после прекращения огня.
Желая полностью удостовериться в наличии немецких солдат в передовых окопах, ночью была выслана группа охотников, которые развеяли опасения Миллера. Только после этого был отдан приказ о выдвижение баллонов с хлором на передовую. Специально выделенные люди внимательно следили за направлением ветра, готовые в любой момент дать команду отбой в случаи перемены его движения, но погода не подвела русских. Всё время ветер упорно дул в сторону моря.
Команда «Газы!!!» прозвучала в самое предрассветное время, когда измученный за день человек спит особенно сладко. Из выброшенных за бруствер русских окопов раструбов больших резиновых шлангов, с шипением вырвалось огромное желтое облако хлора и медленно поползло в сторону неприятеля. Подгоняемое ветром, оно неторопливо поглотило сначала на передний край немецкой обороны, а затем двинулось дальше в её глубь.
Поручик Сёмин, командовавший этим страшным оружием, стоял возле стальных баллонов, внимательно следя за тем, как светящаяся секундная стрелка обегала циферблат. Когда истекло заранее высчитанное время, за которое ядовитый газ должен был достичь передней линии немецких окопов, поручик достал из сумки сигнальную ракетницу, и ночная мгла озарилась белой ракетой.