23 ноября (6 декабря) 1909 г. приказом по флоту и морскому ведомству № 311 вводится в действие новое положение, согласно которому штат штаба был существенно увеличен.
В его состав вошли:
— оперативная часть;
— распорядительная часть;
— флаг-офицеры;
— флагманские специалисты;
— начальник службы связи;
— благочинный (священник).
Первым начальником Морского Генерального штаба (МГШ) стал бывший командир крейсера «Громобой» капитан 1-го ранга Л.А. Брусилов. Первоначально его штат состоял из 15 офицеров. В новую структуру входил и специальный информационно-статистический орган, занимающийся ведением агентурной разведки. В 1906–1917 гг. в результате изменений в штате штаба (довольно-таки многочисленных для 11-летнего периода) в разное время агентурное подразделение именовалось как:
— иностранное отделение военно-статистического отдела;
— отделение иностранной статистики МГШ;
— иностранная часть МГШ;
— иностранный отдел статистической части (в своем составе имел Центральное бюро, занимающееся анализом информации и докладом ее командованию);
— иностранный отдел статистического отделения;
— иностранный отдел МГШ.
До мая 1914 г. эти органы занимались как агентурной разведкой, так и информационно-учетной работой, а также координацией действий военно-морских агентов (атташе), анализом и дешифровкой кодированной информации, цензурой и контрразведкой.
После Русско-японской войны военно-морские агенты стали активно участвовать в организации и работе тайной агентурной разведки МГШ. Значительная роль принадлежала им в вопросах оценки военно-политической обстановки и в организации военно-технической разведки. В этих вопросах заметных успехов добились Г.А. Беренс в Германии, А.Н. Щеглов в Турции, П.Ф. Келлер в Скандинавских странах. Усиление контрразведывательного режима в странах пребывания и начавшаяся война заставили военно-морских агентов искать новые подходы в организации своей работы, а всю разведку — искать пути повышения эффективности, в том числе через улучшение взаимодействия разведывательных структур внутри империи.
Наибольших успехов флотские разведчики добились в организации совместной работы с Главным управлением Генерального штаба.
До 1912 г. при МГШ штатной части агентурной разведки не было. Ге функции выполняло внештатное объединенное Секретное бюро. Так как структура и задачи подразделений Морского Г енерального штаба большой тайной для его служащих не являлись, то указанное бюро было «крышевым прикрытием» агентурного органа, непосредственно занимающегося вопросами организации тайной агентурной разведки и обработкой добытой разведывательной информации, взаимодействия с Разведывательным делопроизводством ГУГШ, решающим аналогичные проблемы. Секретное бюро находилось в штате части агентурной разведки, замыкающейся организационно на армейский Генеральный штаб (в Разведывательном центре ГШ). Это подразделение имело двойное подчинение: административное — командиру сухопутной части, оперативное — иностранной части МГШ. Его личный состав комплектовался морскими офицерами, имел флотские воинские звания.
Взаимодействие с МИД в целом носило продуктивный характер, но МГШ так и не удалось направить работу российских дипломатов на решение разведывательных задач в интересах морского ведомства.
В рамках международного взаимодействия перед Первой мировой войной наиболее тесные контакты были установлены с французской специальной службой.
С 1911 г. на кораблях Балтийского флота для противоборства в радиоэфире стали применять так называемые «звучащие» радиостанции. Дело было новое. Поэтому 2-м (радиотелеграфным) флагманским минным офицером штаба командующего морскими силами Балтийского моря старшим лейтенантом A.M. Щастным (в мае 1918 г. — командующий советским Балтийским флотом, адмирал, расстрелян большевиками) в ноябре 1911 г. был подготовлен для МГШ список вопросов по радиосвязи иностранных флотов, на освещение которых следовало нацелить российских военно-морских агентов за границей. Флотских радиоспециалистов того времени интересовало:
«1. Какие типы радиостанций (система и мощность) приняты на судах флота?
2. Сколько радиостанций или приемников имеется на каждом корабле?
3. Какое количество телеграфистов имеется на каждой судовой радиостанции в зависимости от ее мощности и число лет их службы?
4. Как организованы переговоры по радиотелеграфу между отдельными частями флота; какие способы применяются для удержания радиосвязи во время помехи от действия других радиостанций?
5. Имеются ли на судах радиотелефоны для непосредственного обмена речью между судами? Дальность их действия и степень надежности?»
С этого времени радиосвязь стала объектом агентурной разведки.
С 1912 г. на флоте помимо действующей агентурной сети начали создаваться резерв агентурной разведки (РАР), запасная агентурная сеть (ЗАС) и обеспечивающая их жизнедеятельность вспомогательная агентурная сеть (ВАС) как на своей, так и на зарубежной территории.