Еенерал-майор ЕРУ В.А. Никольский, пришедший в военную разведку в начале 1938 г., вспоминает: «К середине 1938 г. в военной разведке произошли большие перемены. Большинство начальников отделов и отделений и все командование управления были арестованы. Репрессировали без всяких оснований опытных разведчиков, владеющих иностранными языками, выезжавших неоднократно в зарубежные командировки. Их широкие связи за границей, без которых немыслима разведка, в глазах невежд и политиканствующих карьеристов являлись «корпусом деликта» — составом преступления — и послужили основанием для облыжного обвинения в сотрудничестве с немецкой, английской, французской, японской, польской, литовской, латвийской, эстонской и другими, всех не перечислишь, шпионскими службами. Целое поколение идейных, честных и опытных разведчиков было уничтожено. Их связи с зарубежной агентурой прерваны.»
В результате репрессий многое из того скудного, что было подготовлено для работы в военное время, оказалось окончательно разрушенным. Репрессии отрицательно сказались на настроении и деловых качествах уцелевших и вновь пришедших в военную разведку сотрудников. Они были скованы в работе, избегали брать на себя ответственность и принимать самостоятельные решения.
В августе 1938 г. президент ЧехословакииБенеш по дипломатическим каналам передал предложение для Сталина профинансировать военный переворот промарксистских сил среди военных в Югославии.
С 1 сентября 1938 г. русский язык в качестве предмета преподавания вводится во всех школах Украины. Это означало процесс сворачивания украинизации в республике.
В сентябре 1938 г. усилиями Л. Троцкого во Франции образован IV Интернационал, что ознаменовалось выходом троцкистских групп из компартий и Коминтерна во многих странах мира, их конституциированием в независимые организации. СССР над ними никакого контроля не имел.
29 сентября 1938 г. произошел так называемый Мюнхенский сговор: премьер-министры Великобритании, Франции, Италии и немецкий рейхсканцлер Гитлер подписали соглашение о передаче Чехословакией Германии Судетской области. Таким образом, продолжился процесс переустройства Европы в соответствии с представлениями германских фашистов, начатый в 1936 г.
Необходимо отметить, что Чехословакия имела в то время не только сильную армию, но и договор о взаимопомощи с Францией. Затем к нему примкнул и СССР на условиях, что он вступится за чехов и словаков, если их будут защищать французы. Однако когда в Мюнхене Гитлер в присутствии премьеров Франции и Великобритании потребовал себе чешские Судеты, то именно французы вынудили чехов сдаться. В этих условиях, несмотря на условия договора, СССР все же предложил Чехословакии военную помощь и даже начал перегонять авиацию на чешские аэродромы, но те не приняли акт доброй воли советской стороны и предпочли уступить агрессору.
В октябре 1938 г. арестован С.Г. Гендин. Исполнять обязанности заместителя начальника Разведупра назначен Александр Григорьевич Орлов. Он руководил центральным органом военной разведки до апреля 1939 г. включительно. Его сослуживец по Управлению военных приборов генерал-лейтенант инженерных войск М.М. Лобанов о нем вспоминает: «Юрист по образованию, он был человеком исключительно эрудированным. Глубоко и всесторонне зная правовую сторону дела, он в короткий срок наладил контакты с наркоматами, руководителями ведущих предприятий, институтов. Александр Григорьевич для всех нас был примером принципиальности, выдержки, настойчивости. Смелости и настойчивости ему было не занимать. Стремление некоторых сотрудников задержаться в Управлении до поздней ночи он расценивал как неумение работать в отведенное для этого время(выделено мной. — B.C.). Александр Григорьевич отлично понимал, что руководитель обязан знать специфику того дела, которым занимается».
И Гендин, и Орлов в последующем были расстреляны. После начали арестовывать тех сотрудников, которые работали под их руководством. Постепенно исчезали полковники и полковые комиссары. Занять их места снова доверялось майорам, пришедшим из войск.
Если основу Региструпра в 1918–1925 гг. составляли бывшие штабс-капитаны царской армии, большинство которых имело агентурную подготовку, то опорой Разведупра образца 1938–1939 гг., вместо истребленных к этому времени «:старых военных специалистов», так называемых «военспецов», которых ненавидели Молотов и его сторонники, стали майоры РККА без специфических знаний, имеющие смутное представление об оперативно-агентурной деятельности, которой им предстояло заниматься. Изменился не только возрастной, но и национальный состав разведчиков. На смену латышам, полякам и евреям пришли лица с русскими фамилиями — недавние выпускники высших военных учебных заведений. Больше не было «интеллигентов» по социальному происхождению. Новое поколение военных разведчиков было из рабочих или из крестьян.
В октябре 1938 г. Германия оккупировала Судеты. Президент Чехословакии Бенеш бежал из страны в Англию.