Что касается Прибалтийских государств, то они находились определенное время в состоянии ограниченной независимости, согласившись на размещение на своей территории советских военных баз. Сталин успокаивал эстонскую делегацию, после того как она уступила его требованиям: «Я могу сказать, что эстонское правительство поступило мудро. Ведь то, что произошло с Польшей, могло произойти и с вами».
По состоянию на 23 сентября 1939 г. заместителем начальника Разведывательного управления являлся майор А.Ф. Васильев, 11 майоров занимали должности начальников и заместителей начальников отделов, 9 майоров — начальников отделений. В своем обращении к наркому обороны К.Е. Ворошилову относительно положения дел в разведывательном ведомстве новая генерация руководителей — исполняющий обязанности начальника 1-го отдела Разведуправления полковник А.И. Старунин и заместитель начальника отдела по агентуре майор Ф. А. Феденко указали следующее: «В результате вражеского руководства в течение длительного периода времени РККА фактически осталась без разведки. Агентурная нелегальная сеть, что является основой разведки, почти вся ликвидирована. Реальных перспектив на ее развертывание в ближайшее время нет. Итак, накануне крупнейших событий мы не имеем «ни глаз, ни ушей». В управлении есть немало людей, знающих работу, которые могли бы внести в дело развертывания агентуры новую большевистскую струю, но система, косность, трусость и ограниченность так называемых руководителей глушат здравые начинания и инициативу людей».
Все это привело к тому, что работа военной разведки на некоторое время была парализована. Бывшие сотрудники разведорганов еще царских времен, а также лица, стоявшие у истоков советской военной агентурной разведки, служившие в ней и уволившиеся в запас до 10 ноября 1937 г., за два года репрессий были уничтожены, а в существующих структурах все специалисты-агентурщики арестованы и расстреляны. «В мясорубку, приводимую в движение бывшими коллегами», попали и должностные лица, пришедшие на усиление Разведуправления из НКВД. Двадцатилетний период развития военной агентурной разведки трагически завершился. Новый этап эволюции начался фактически с нуля.
Последствия репрессий частично смягчались работой пунктов связи ОМС Коминтерна, бесперебойно поставлявших в СССР необходимые сведения. После VII конгресса Коминтерна (лето 1935 г.) Отдел международных связей был усилен представителями Разведупра, ав 1936 г. он преобразуется в Службу связи Секретариата ИККИ. В 1938 г. в целях конспирации была закрыта школа радистов в Пушкине («база № 3»), а специалистов этого профиля стали готовить на местах. К концу 1939 г. Служба связи Секретариата ИККИ располагала целой сетью радиофицированных пунктов связи (ПС) с Москвой в городах (странах):
а) за рубежом:
— Копенгаген,
— Париж (впоследствии преобразован в четыре точки связи),
— Стокгольм,
— Прага,
— Шанхай,
— Тегеран (для поддержки связи с компартиями Ирана, Индии, Ирака),
— Гонконг (для поддержания связи с компартиями Таиланда и Бирмы),
— Сингапур (для поддержания связи с компартиями Таиланда и Бирмы),
— Константинополь,
— София,
— Югославия,
— Мексика,
— Чили;
б) на территории СССР:
— Севастополь,
— Одесса,
— Баку,
— Мурманск,
— Хабаровск,
— Чита,
— Владивосток.
Каждый ПС был тесно связан с пунктами связи в соседних странах посредством сети линий личной связи, по которым регулярно курсировали эмиссары ИККИ и спецтуристы из числа партийных функционеров и сочувствующих лиц, причем в большинстве случаев нелегально. Например, из Болгарии в СССР и обратно людей переправляли по маршрутам Константинополь — Бургас, Константинополь — Одрин, Константинополь — порты Греции — порты Болгарии. Регулярно через пункты связи ОМС передавались шифрограммы, деньги, документы для сотрудников и агентуры «соседей» — Разведупра РККА и ИНО ОГПУ-НКВД, а те, в свою очередь, помогали Службе связи в проводимой ею работе, хотя такие взаимовыгодные отношения были запрещены советским руководством еще в январе 1921 г. Но соблазн сотрудничать с людьми «преданными прогрессивной идеологии» был слишком велик, да и вожди к таким нарушениям относились снисходительно.
Однако репрессии не обошли стороной и структуры ИККИ. В период с 1937 по 1939 г. по сфабрикованным обвинениям были арестованы и расстреляны все (за исключением одного) бывшие руководители ОМС и многие его руководящие сотрудники, в том числе и начальники зарубежных пунктов связи.
28 сентября 1939 г. из-за безнадежного положения и отсутствия снабжения перед немцами капитулировала столица Польши Варшава. В этот же день Советский Союз подписывает с Гитлером Договор о дружбе и границе, закрепивший территориальный раздел между ними Польского государства.
5 октября 1939 г. сломлен последний очаг польского сопротивления, де факто Польша прекратила свое существование.