Берия сменил три четверти руководящего состава госбезопасности. Чекистский аппарат значительно помолодел. Изменился и национальный состав руководителей: исчезли поляки, латыши, немцы (представители «иностранных национальностей», как тогда говорили), резко сократилось число евреев. Убрали всех чекистов, состоявших в молодости в каких-то других, кроме ВКП(б) и ее предшественниц, партиях (эсеры, анархисты и т. д.) или принадлежавших к враждебным классам, то есть родившихся не в пролетарских семьях.
В тот период советские места лишения свободы были переполнены и не могли принять всех «нуждающихся в перевоспитании» граждан. С целью решения возникшей проблемы в 1939-м из лагерей освобождено 223,6 тысячи незаконно репрессированных лиц, из колоний — 103,8 тысячи. Для заполнения освободившихся мест арестовано 200 тысяч человек, не считая лиц, депортированных из западных областей Белоруссии и Украины после раздела Польши осенью 1939 г.
К концу 1939 г. все «советские» немцы были переселены на Алтай и в Казахстан. В этих регионах их насчитывалось 1,2 млн человек.
С целью недопущения обучения в вузах детей «врагов народа» в них вводится кураторство НКВД. Кураторы тесно сотрудничали с отделами кадров учебных заведений. В их задачу также входил надзор над личными и моральными качествами преподавателей, их политическими взглядами и симпатиями.
Кроме того, по настоянию Берии, были расширены права Особого совещания при НКВД СССР, которое выносило внесудебные приговоры в тех случаях, когда не было никаких доказательств.
В 1939 г. принимается новое положение о внутренних тюрьмах НКВД. Новым документом запрещалось извещать родственников о смерти подследственных и выдавать им трупы для похорон.
ГУЛАГ стал постоянно расширяться. Правительство ставило перед НКВД очередную задачу, под нее ведомство создавало очередной лагерь. Заключенные строили военные заводы, прокладывали дороги, сооружали аэродромы и работали на тяжелых и вредных производствах в горно-металлургической, топливной, химической, целлюлозно-бумажной промышленности.
Например, появляется постановление правительства о строительстве Архангельского и Соликамского целлюлозно-бумажных комбинатов, и тут же в районе предстоящих новостроек создаются лесозаготовительные лагеря на 140 тысяч заключенных. Писатель
В.П. Астафьев говорил в одном из интервью: «Все эти кулаки, выселенные в Игарку, вымирали, а бились, старались защитить ребятишек грамотой. Грамота была все. Учебники были не были, а все учились жадно».
Что касается ситуации в партии, то она оставалась довольно-таки сложной, носила характер застоя. И.А. Бенедиктов, пришедший в начале 30-х гг. на работу в Наркомат сельского хозяйства, считал, что в репрессиях тех лет пострадало очень много невиновных. Но «невиновные», вспоминает он, приносили огромный вред государству, и в нем возникла объективная необходимость борьбы с ними:
«Среди старой партийной гвардии, сумевшей «зажечь» и поднять массы на Октябрьскую революцию, оказалось немало, говоря ленинскими словами, «святых» и «безукоризненных» «болванов», которые умели «важничать и болтать», но не умели работать по-новому, с учетом стоящих перед страной задач. Мой наркомат, к примеру, возглавлял старый большевик, человек, несомненно, заслуженный и честный (поэтому не называю его фамилии), но совершенно неспособный организовать дело. Бесчисленные уговоры и совещания, собрания с «яркими» лозунгами, постоянные здравицы в честь революции, Ленина, к месту инек месту, — таков был его стиль, и переделать себя он был просто не в состоянии. Не помогали и высокий уровень образованности, культуры, высокие нравственные качества — деловых свойств ничем не заменишь.
Естественно, что массовое выдвижение на руководящие посты более молодых, способных, умеющих работать по-современному людей не могло проходить безболезненно, вызывало недовольство, обиды и обвинения со стороны ветеранов, сопротивление которых также надо было сломить.»
Генерал-майор Виталий Никольский, служивший в это время в Разведывательном управлении Красной армии, вспоминает:
«Репрессии, которые развернулись после «дела Тухачевского», нанесли армии такой удар, от которого она не могла оправиться к началу войны. К 1940 г. в центральном аппарате военной разведки не осталось ни одного опытного сотрудника. Все были уничтожены. Нашими начальниками становились наскоро мобилизованные выдвиженцы, в свою очередь менявшиеся, как в калейдоскопе.
Когда в Москве арестовывали офицера центрального аппарата, то разведчики, которые на нем замыкались, — легальные и нелегальные, автоматически попадали под подозрение. Сначала их информации переставали доверять. Потом отзывали в Москву и уничтожали.
Бывало, нашего разведчика отзывали так стремительно, что он не успевал передать свою агентуру сменщику.
Таким образом, основной ущерб разведке был нанесен не вражеской контрразведкой, а собственным начальством».