Москва ответила согласием. Ядро подпольной организации составили чекисты: Сергей Виноградов, Петр Морозовский, Тамара Мижигурская, Павел Шевченко, Петр Балонин, Иван Петренко, Иван Гринченко и радист Евгений Глушков.
При резидентуре Молодцова (оперативный псевдоним «Бадаев») было создано два партизанских отряда, руководимых местными гражданами Афанасием Клименко и Антоном Федоровичем. Для жизнеобеспечения отряда Клименко в катакомбах подготовили специальную базу. Под землей хранились продукты питания, рассчитанные на шестимесячное пребывание под землёй до полусотни человек. Туда же завезли взрывчатку, оружие и боеприпасы к нему.
16 октября 1941 г., в день оккупации города немецко-румынскими войсками, в одесские катакомбы через шахту в селе Нерубайское вошел весь партизанский отряд Клименко и руководящий состав резидентуры.
О том, что в оккупированной Одессе остались партизаны и подпольщики, румынской контрразведке (сигуранце) было известно. В одном из её документов, захваченном после войны, по борьбе с партизанским движением, говорилось:
Партизанами и подпольщиками проводилась определенная положительная работа: уничтожалась живая сила противника, подрывались железнодорожные пути и склады с продовольствием и вооружением, пускались под откосы поезда, велась агентурная разведка побережья…
Центр периодически принимал спецсообщения от «Кира» (радиопозывной Молодцова). Документы, начинающиеся словами: «Нелегальный резидент НКВД в Одессе сообщает…» нередко ложились на стол руководителю НКВД и даже Верховному главнокомандующему. Сталин их внимательно читал…
Но случилось предательство со стороны… руководителей партизанских отрядов, сначала — Антона Федоровича, а затем — и Афанасия Клименко. Согласились сотрудничать с сигуранцей ещё несколько арестованных подпольщиков, в том числе и радист отряда Евгений Глушков, инициативно предложивший свои оперативные услуги недавнему его противнику.
Как писал Олег Матвеев по этому поводу в газете «Независимое военное обозрение»:
8 февраля 1942 г. Владимир Молодцов вместе с Тамарой Межигурской во время выхода из катакомб были выслежены и схвачены румынской контрразведкой возле дома Антона Федоровича.
По доносам предателей за небольшой промежуток времени было расстреляно более тридцати партизан.
Суд над Молодцовым и Межигурской состоялся 28 мая 1942 г. Они сидели на скамье подсудимых, закованные в цепи кандалов. После того как 29 мая был зачитан приговор военно-полевого суда, по которому все трое приговаривались к расстрелу, на предложение подать прошение на имя короля о помиловании чекист категорически отказался, заявив: «Мы на своей земле и у врага помилования не просим!»
В июле 1942 г. герои были расстреляны.
После освобождения Одессы войсками Красной Армии органы военной контрразведки Смерш 3-го Украинского фронта разыскали Афанасия Клименко, Антона Федоровича и других предателей…
Все они были судимы военным трибуналом.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 5 ноября 1944 г. капитану госбезопасности Владимиру Молодцову было посмертно присвоено звание Героя Советского Союза.
Большую роль в расследовании причин провала Одесского подполья и розыска предателей для привлечения их к суду военного трибунала сыграли армейские чекисты 2-го отдела УКР Смерш 3-го Украинского фронта.
В ходе проведения розыскной работы оперсоставом 2-го отдела этого же фронта в лагере военнопленных № 22 было установлено, что унтер-офицер Остермайер не пехотинец, а кадровый военный разведчик, располагавший, как выяснилось потом, интересной информацией.