Но в борьбе с немецкой агентурой органами Смерш в конце 1943 г. были вскрыты недоработки, ошибки и факты предательства со стороны местных сотрудников НКВД. Возглавлявший НКВД ЧИ АССР капитан госбезопасности Султан Апбогачиев, ингуш по национальности, всеми путями отмежевывался от участия в борьбе с террористами.
На одном из заседаний бюро Чеченско-Ингушского обкома ВКП(б), а конкретно 9 ноября 1941 г., говорилось:
На вопрос, откуда такая пассивность у наркома ЧИ АССР, ответ нашли военные контрразведчики. В ходе очередной чекистстко-войсковой операции военнослужащими 263-го полка Тбилисской дивизии войск НКВД лейтенантом Аникеевым и старшиной Нециковым был обнаружен вещмешок одного из главарей чеченских бандитов Исраилова-Терлоева с его дневником и перепиской. В этих документах находилось письмо от Апбочагиева следующего содержания:
Не отставали от милиционеров и чекистов также и партийные чиновники. При приближении линии фронта в августе-сентябре 1942 г. бросили работу и бежали в горы к повстанцам около сотни членов ВКП(б), в том числе 16 первых секретарей райкомов, 8 руководящих работников райисполкомов и 14 председателей колхозов. С учетом того, что в описываемое время ЧИ АССР включала в себя 24 района и город Грозный, вырисовывается картина — со своих постов дезертировали ровно две трети первых секретарей райкомов.
Когда ГУКР НКО Смерш получил обильные материалы, свидетельствующие о массовом сотрудничестве местного населения с гитлеровцами, начальник ГУКР НКО СССР генерал-полковник В.С. Абакумов доложил обобщенной справкой Верховному Главнокомандующему.
В феврале 1944 г. по указанию Иосифа Сталина органы НКВД СССР провели спецоперацию под кодовым названием «Чечевица», в результате которой из Чечено-Ингушской Автономной Республики спешно выселили в районы Средней Азии, особенно на территории Казахстана и Сибири, почти всех чеченцев и ингушей, а саму республику упразднили. Покарали, таким образом, и не виновных.
Хотя с позиций сегодняшнего дня многим исследователям показалось, что можно было решить эту задачу другим способом, каким — никто не может ответить. Однако война — есть война, у неё жестокий нрав, и она не делает мягче ни солдат, ни офицеров, ни политиков.