Казалось бы, Абакумов с блеском выполнил очередное задание Сталина. Но это была иллюзия. Власть, тем более тоталитарная, не терпит свидетелей своих неблаговидных дел, и потому Абакумов, как и его предшественники — руководители НКВД Генрих Ягода и Николай Ежов, был обречен. Споткнулся Абакумов на очередном «заговоре», вызревавшем в воспаленном сознании Сталина, — «заговоре международного сионизма».
Известный советский кардиолог профессор Яков Этингер, оказавшийся одной из жертв этого «заговора», был арестован и помещен в камеру внутренней тюрьмы на Лубянке. Следствие в отношении него вел старший следователь по особо важным делам подполковник Михаил Рюмин. Он применял к Этингеру весь пыточный арсенал, но так и не добился признательных показаний. В этой связи Абакумов распорядился перевести упрямого подследственного в Лефортовскую тюрьму, отличавшуюся более суровым режимом содержания.
В марте 1951 года, находясь в карцере, Этингер скончался. «Бдительный» Рюмин заподозрил неладное и сигнализировал наверх:
«…
Сигнал не остался без внимания тех, кто опасался дальнейшего усиления Абакумова. Не без помощи Берии и Маленкова «бдительный следователь» подготовил письмо-разоблачение на имя Сталина. В нем Рюмин писал:
«…
Реакция Сталина последовала незамедлительно. 4 июля 1951 года Абакумова отстранили от дел, 12-го арестовали вместе с женой Антониной Смирновой — дочерью известного эстрадного артиста. Не пощадили даже малолетнего сына. Он тоже оказался в камере. Абакумову и семье пришлось пройти все земные круги ада, на которые он обрекал других, будучи министром госбезопасности.
19 декабря 1954 года Абакумов оказался на месте своих жертв. За спиной сухо лязгнули затворы пистолетов. Он напрягся. Мгновение между жизнью и смертью, казалось, превратилось в вечность. Пальцы палачей легли на курки, и одновременно громыхнули три выстрела. Слепящая тьма поглотила бывшего министра госбезопасности, бывшего руководителя Смерша, бывшего бойца ЧОН, простого рабочего парня, когда-то поверившего в столь притягательные для юной души слова: Свобода, Равенство, Братство!
Более 60 лет на имени Виктора Абакумова и на всем, что он делал, лежало политическое табу. Всевластное время и сама история нашей страны — героическая и трагическая, определили его место в ней и вынесли окончательный вердикт — возвратили из небытия. Виктор Семенович являлся человеком своего времени. Времени сурового, лишенного полутонов и компромиссов. Он был предан советским вождям и добросовестно исполнял, как понимал, свой гражданский и служебный долг. Он никого не предал и не изменил ни идеалам, ни Родине. Это родина в лице вождей изменила Виктору Семеновичу.
В тот роковой день образования отечественной военной контрразведки, 19 декабря 1954 года, когда Виктор Абакумов был расстрелян, казалось, что вместе с ним были навсегда вычеркнуты не только из жизни, но и из летописи Великой Отечественной войны не только его имя, но и сам Смерш.
С тех пор минуло 60 лет. В 2003 году Директор ФСБ России и руководитель Управления военной контрразведки ФСБ России предприняли смелый шаг. Они восстановили историческую справедливость, сделали достоянием широкой общественности имя Виктора Семеновича.
Спустя десять лет общество ветеранов военной контрразведки в результате длительных поисков в одной из безымянных могил на Левашовской пустоши в Санкт-Петербурге обнаружили прах Виктора Семеновича. 19 апреля 2013 года он упокоился на родной московской земле.